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反對這次遠徵以及心存疑慮的遠徵軍軍官大有人在，因此半官方的報紙《箴言報》在4月1日發表的一篇文章上險些洩露了天機，該文稱一次&ldo;兼有社會和軍事性質的遠徵&rdo; 正在成行，&ldo;其目的地是埃及。透過埃及進逼英國殖民地印度，要在那裡打擊英國。&rdo;與此同時，大部分拿破崙的軍官，甚至連政府的高階官員都仍然被蒙在鼓裡。為了彌補這一破綻，並進一步迷惑英國人，4月4日，《箴言報》上刊登了政府公告，稱：&ldo;拿破崙將軍將在10天內啟程到佈雷斯特擔任英格蘭方面軍指揮官。&rdo;
海軍艦隊和護衛隊顯然沒有能夠按照命令在4月9日出發。在海上執行任務一年多的布呂埃斯的艦隊已經離開科浮島，但是還沒有到達。此外，大部分軍艦在經過數月的海上航行之後，都需要維修並對大量減員進行補充。儘管如此，當由6艘法國軍艦、5艘威尼斯戰船和9艘三桅快艦（其中6艘是法國的）組成的破爛艦隊終于于4月2日在土倫拋錨停泊時，布呂埃斯仍然受到了熱烈的歡迎。
然而，布呂埃斯和他的艦隊所受到的歡迎是短暫的。離家一年多的布呂埃斯剛剛登岸便接到拿破崙和軍事委員會的命令：他所指揮的艦隊經過補給和載兵之後，必須向未知的目的港，&ldo;立即起航不得延誤&rdo;。雪上加霜的是，委員會還通知布呂埃斯，由於海軍經費空虛，無力支付他拖欠艦隊9個月的軍餉！
海軍中將不顧坐鎮巴黎的那些人的決定，堅持艦隊需要修整的時間；更有甚者，艦隊將補充在沿海強徵入伍計程車兵。這當然意味著大量未經訓練的水手將進行這次遠徵，儘管有命令&ldo;儘量限制外國人&rdo;入伍也於事無補。此外，布呂埃斯還做出了非同尋常的決定：清除不稱職和不服從命令的海軍軍官，包括5艘軍艦的艦長。還有，布呂埃斯拒絕接受3個月的修整期，堅持要經過6個月的修整之後才能出海徵戰。訓練成千上萬強徵入伍的水兵是一件麻煩的事。艦隊的紀律必須得到維持，布呂埃斯據理力爭，現有的對整個艦隊中普遍存在的不服從軍紀的軍官和水兵的懲罰條例過於寬鬆。革命中誕生的軍事法庭陪審團制度應予以取消，應賦予艦長更大的權力，&ldo;包括在戰爭中有權對怯弱者處死的權力&rdo;。至於臨陣逃脫的水兵，必須&ldo;就地予以正法&rdo;。對動搖軍心者更應嚴懲不貸。&ldo;我們面對著艦隻數量3倍於我們的強大而訓練有素的敵人，&rdo;他用非常逆耳的語言對巴黎的海軍領導總結道，&ldo;我們打算進行的戰役，對我們是有決定性的。要麼我們的海軍蒙受恥辱，要麼我們成為歐洲最強大的海軍力量。歸根結底，整個遠徵的勝敗取決於壓倒對手的制海權。&rdo;
除了海軍艦隊的組建混亂無序，還有一些非常奇怪的延誤因素。例如：拿破崙總司令還要帶上法文、希臘文和阿拉伯文的排字模板，遠徵軍裡還編入了大量學者，包括天文學家、數學家、博物學家、地理學家、化學家、建築師、各種東方語的翻譯、道路和橋樑工程師，甚至還有一位熱氣球專家以及一位才藝出眾的藝術家。
成千上萬的隊伍很快集結於馬賽和土倫地區，他們大部分是從萊茵河乘船而來。當軍隊的主計官從巴黎尋找第一批數百萬法郎的薪金支付時，在財政上身無分文的拿破崙下令瑞士佔領軍從瑞士國庫強行提取300萬法郎，用船護送到里昂。的確，除了最基本的軍需物資，如鞋襪、步槍（在剛補充的12,000枝步槍中就有10,000枝是壞的）、大炮、炸藥以及運兵船隻等奇缺之外，影響、限制和延誤陸軍和海軍戰備的最大因素是沒有資金（儘管拿破崙和塔列朗都曾當面保證過資金無虞），僅馬賽軍港一項就需要耗資5,837,377法郎。同時
