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校應該保持“崇高的道德水準”。但是當時並無法律明文禁止男女合校，已經回到北大的蔡元培就憑這一點，沒有請求政府的許可，便正式批准了那9名女生註冊為北大正式學生。自此，北大開始正式招收女學生。
蔡元培先生在北大講授的惟一課程是《美學》。一位同學的回憶錄中記載下當時課堂的情境：“他教的是美學，聲浪不很高，可是很清晰，講到外國美術的時候，還帶圖畫給我們看，所以我們覺得很有趣味，把第一院的第二教室完全擠滿了。第一院只有第二教室大，可坐一二百人，……擠的連講臺上都站滿了人，於是沒有辦法，搬到第二院的大講堂。”
蔡元培先生明確指出：國文分兩種：一種實用文，在沒有開化的時候，因生活的必要發生的；一種美術文，沒有生活上的必要，可是文明時候不能不有的。
蔡元培在回覆林琴南的一封信中談到了自己的兩種辦學主張，第一條便是：對於學說，仿世界各大學通例，循思想自由原則，取相容幷包主義，無論有何種學派，苟其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之命運者，雖彼此相反，而悉聽其自由發展。
蔡元培任民國教育總長時，範源濂任次長，他們辦教育的方法相對立。範說：“小學沒有辦好，怎麼能有好中學？中學沒有辦好？怎麼能有好的大學？所以我們的第一步，當先把小學整頓。”蔡元培說：“沒有好大學，中學師資哪裡來？沒有好中學，小學師資哪裡來？所以我們第一步，當先把大學整頓。”
蔡元培談及自己的教育理念：大學教育的目的與觀念是明確的，就是要使索然寡味的學習趣味化，激起人們的求知慾望，我們決不把北大僅僅看成是這樣一個場所——對學生進行有效的訓練，訓練他們日後成為工作稱職的人。……這所大學還負有培育及維護一種高標準的個人品德的責任，而這種品德對於做一個好學生以及今後做一個好國民來說，都是不可缺少的。
【兼收】
蔡元培的相容幷包是北大最重要的思想資源，他說：“大學之大，因其無所不包，各種言論思想均可自由，但亦不必出於互相詬罵。如各有主張，儘可各自鼓吹自己主張之長處，不必攻擊或排斥他種主張。”
由於重視延聘選拔有真才實學的各方面人才，容納各種學術和思想流派，使北大的教員隊伍發生了很大變化。一時北大人才濟濟，學校面貌為之一新。據1918年初的統計，全校共有教授90人，從其中76人的年齡看，35歲以下者共43人，佔57％，50歲以上者僅6人，佔8％。最年輕的文科教授徐寶璜僅25歲，其他如胡適、劉半農等也都是二十七、八歲的青年。蔡元培出任校長時也只有50歲，教授平均年齡僅30多歲。而這時北大本科學生的平均年齡為24歲。
1917年，蔡元培採用“思想自由，相容幷包”的辦學方針，實行“教授治校”的制度，提倡學術民主，支援新文化運動。蔡元培任北大校長時，北大國文科只有經史子集，外國文只有英文，教員只有舊的幾個人。蔡元培於舊人舊科目之外，加了戲曲和小說，章太炎的弟子黃季剛，洪憲的劉申叔，尊王的辜鴻銘之外，加添了陳獨秀、胡適之、劉半農一班人，英文之外也添了法文、德文和俄文了。於是，北大有了主張新文化運動的領袖人物胡適、陳獨秀、魯迅等人；有復辟派、主張恢復帝制，擁護袁世凱做皇帝的急先鋒辜鴻銘、劉師培等……；有最早把共產主義介紹給中國的李大釗、也有最早介紹無政府主義的李曾石、還有最早介紹愛因斯坦相對論的夏元瑮……；此外他還啟用了錢玄同、俞同奎、沈尹默等一批老北大的老人，更啟用了只有二十三、四歲的梁漱溟等一批年輕人……，還請來了剛從歐洲回來的女教授陳衡哲先生、聘用了數學系老教授馮祖荀，外籍教授、地質系的葛利普等，
