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順治親政後首先削去多爾袞尊號，囚禁其兄阿濟格，掌握兩黃旗與正白旗。
康熙幼年即位，由索尼、蘇克薩哈、遏必隆和鰲拜4大臣輔政。鰲拜不把康熙放在眼裡，專橫跋扈。康熙八年，康熙帝逮捕鰲拜，排除障礙，集中皇權。
這以後，皇權的集中則透過改變中樞機構來實現。到雍正朝，中央集權達到極點。
清初輔佐皇帝的中樞機構先後有四個，隨其變遷皇權越來越集中。
第一個是議政王大臣會議。議政王大臣會議是清朝初年貴族預國參政的政治制度。明萬曆四十三年（1615），努爾哈赤理政聽訟五大臣（費英東、額亦都、何和禮、扈爾漢、安費揚古）與都堂（亦稱扎爾固齊）10人佐理國事，與諸貝勒共議國事。後來，議政的人擴大範圍。天命七年（1622）三月，皇子8人和碩貝勒共議國政。十一年九月，總管旗務的八大臣參與議政。又於八大臣之下每旗設理事聽訟大臣2人，是為16大臣。崇德二年（1637）規定每旗設議政大臣3人，議政大臣就有24名，議政王大臣會議正式成立，從而確定了議政王大臣會議為中央輔政機關。清廷入關後，議政王大臣會議有所發展。順治元年，內廷設議政處。後來吸收范文程、寧完我這些漢族大臣為議政大臣。順治帝執政初年，仍由議政王大臣會議決策。由於後來南書房和軍機處的設立，議政王大臣會議職權減小，乾隆五十六年廢止。鹹豐十一年，奕又封為議政王，四年被取消。
內閣這個名稱起初是三國時魏國的秘書署，明朝用為政務中樞機構名稱。內閣的職責是&ldo;掌獻替可否，奉陳規誨，點檢題奏，票擬批答。&rdo;&ldo;獻替可否，奉陳規誨&rdo;就是對君主勸善規過，進行開導。&ldo;點檢題奏，票擬批答&rdo;就是研究各機關和大臣呈送皇帝的題本和奏本，草擬批文供皇帝參考。順治十五年，承襲明制，把始於皇太極時期的內三院改名為內閣。清內閣設在午門內東南角，門朝西。入門，西為滿本堂，東為漢本堂。兩堂之北有一門。入門，有大學士直舍3間。堂上懸乾隆御筆&ldo;調元和氣&rdo;4字。堂外有匾，上鐫&ldo;機密重地，一應官員不許入內&rdo;字樣。
內閣設大學士、協辦大學士、學士，俱復職，滿漢分授。大學士依明制帶殿閣銜，因而有保和殿大學士、文華殿大學士、武英殿大學士、文淵閣大學士、東閣大學士、體仁殿大學士之名。大學士為正二品，比明朝大學士地位高，明朝大學士，秩皆正五品。大學士名為&ldo;贊理機務&rdo;，&ldo;表率百官&rdo;，其實只是給題本、奏本做票擬而已。軍國大事，是議政王大臣會議議定，最後由皇帝決定。
第三是南書房。議政王大臣會議有礙皇權的發揮。康熙親政後，便以設南書房的措施削弱議政王大臣會議權力。南書房本來是康熙帝讀書寫字的地方，在乾清宮西南角。康熙十二年三藩亂起，軍事事務驟增，為方便軍事指揮，十六年（1677）開始選調翰林入書房當值。這些人叫南書房行走（行走就是入值辦事），職位相當宰相。首批入值者有張英、高士奇。他們除陪伴皇帝讀書寫字外，還代皇帝發布命令，成為康熙帝的秘書班子，削弱了議政王大臣會議權力，而加強了皇權。
第四設立軍機處。軍機處原名&ldo;辦理軍機處&rdo;，初為適應西北用兵需要而設於雍正七年（1729）。第二年，改名軍機處，全名&ldo;辦理軍機事務處&rdo;，考慮到內閣非僻靜之處，易洩密，便設在接近雍正帝住處的隆宗門內。長官是軍機大臣，由親王、大學士、尚書、侍郎或京堂（京堂指3、4品的高官）擔任。下設軍機章京。
軍機處的職責，起初是隻管軍事，後來參與機密
