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細的闡述和分類，總結了脈象的特點和對應的病症，為中醫診斷提供了重要的參考。
李時珍自太醫院還鄉，放棄仕途，從事著述，繼續編寫《本草綱目》，並與當地有名的知識分子相互切磋，探討學問。為使《本草綱目》早日刻印出版，李時珍於萬曆八年（1580 年）前往江蘇太倉拜訪著名學者王世貞，請其為該書作序。
萬曆十八年（1590 年），《本草綱目》得到南京藏書家、刻書家胡承龍的支援開始刻印（即最早的版本——金陵本）。王世貞對《本草綱目》予以很高評價，稱讚其內容廣博但不繁瑣，詳細且有要點，透過閱讀能體會到中國醫學的博大精深，書中所講醫學知識對百姓而言也十分珍貴。
李時珍於1552年，34歲時開始撰寫《本草綱目》，到54歲才把《本草綱目》初稿寫出來，以後又連續修改了三次，到了61歲， 經過27年的打磨，這部190多萬字的大書才全部寫完。《本草綱目》撰於嘉靖三十一年（1552年）至萬曆六年（1578年），稿凡三易。
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該書採用“目隨綱舉”編寫體例，故以“綱目”名書。全書共52卷，收錄了藥物1892種，分為16部、60類，其中有374種是過去沒有記載的新藥物。書中對每一種藥物的名稱、效能、用途和製作方法都做了詳細說明，還附有1100餘首藥方和1160幅藥物形態圖。
在編寫《本草綱目》期間，李時珍得到了家人和弟子的協助。他的四個兒子李建中、李建元、李建方、李建木，還有弟子龐鹿門等人都參與其中。李時珍的次子李建元和四子李建木負責繪製藥物插圖圖例。
李時珍用了 27 年的時間。不斷進行實地考察，足跡遍及大江南北，深入民間積累實踐經驗，查閱了歷代本草專著 41 種、各種醫書 271 中，還引用了許多歷朝著作和科學著作。
主要分為兩個階段：第一階段對藥物進行分類、整理和篩選，逐步形成系統的分類標準和編寫方法。收集眾多珍貴藥材標本並記錄在冊，為《本草綱目》編寫提供了大量一手資料。
第二階段主要是修稿定稿，他在書中建立了新的藥物學分類體系，將藥物分為十五部、六十類，方便百姓查閱。明確藥物主要功效，從八個方面概括藥物知識並深入分析不同藥物的功效，提出新見解。圖文並茂，繪製了 1100 餘幅藥物形態影象，方便人們認清藥物種類和功效。
李時珍編寫《本草綱目》，觀察其生長過程、結構、採摘時間、製作方法等多方面特徵並進行比較分類，以確保藥物辨別準確性和科學性。例如，對於五倍子，他透過觀察其生長過程等，糾正了前人對其分類的錯誤，將其歸入虫部。
他還透過解剖和品嚐藥物等方式深入研究，提高對藥物特徵的認識和辨析能力，如為確定曼陀羅花的藥性，他一方面閱讀前人書籍，另一方面親自到武當山訪問藥農，最終證實風茄兒與曼陀羅為同一種藥物，且須與火麻子花同用才有麻醉作用，從而為病人減少醫治痛苦。
李時珍還採用的科學分類。透過比較方法，他糾正了眾多本草的錯誤，包括名字錯誤、藥物產地錯誤等。
李時珍一生為醫學事業鞠躬盡瘁，除了醫學巨著《本草綱目》，還著有《浙湖脈學》和《奇經八脈考》等書。因為常年勞累，身體早已不堪重負。在完成《本草綱目》沒多久，他就病倒了。儘管徒弟們四處尋醫問藥，可他的病情還是日益加重。李時珍於明萬曆二十一年（1593年）去世，享年75歲。
明朝除了李時珍，還有許多其他傑出的中醫學家。
《滇南本草》由明代雲南嵩明人蘭茂所撰，是中國現存地方性本草書籍中較為完整
