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《老子》提出了：&ldo;道生一，一生二，二生三，三生萬物。萬物負陰而抱陽，沖氣以為和。&rdo; 這是道家對自然存在方式的一個基本看法，自然萬物是自然存在的，是從無到有的一個發展過程，否定了神創，但它不是從結構形式的角度來理解自然界的存在，而是以一種模糊、籠統的整體性來理解自然界的存在。道家認為&ldo;無&rdo;、氣、道作為自然界的存在方式和萬物的本源，是一種&ldo;其大無外，其小無內&rdo;，混沌未分的狀態，天地未生，混沌一氣。這種對自然及萬物存在方式的認識有幾個特徵。其一，強調空間的無限性，忽視萬物存在的幾何特徵，因此沒有從數量和結構上說明萬物的構成。
單一的氣如何構成不同的萬物，在中間環節及構成過程中缺乏說明，只好用諸如陰氣、陽氣等加定語的方式加以解決。其二，對萬物的說明停留在表象和性狀的說明上，因而不能深入到物體的結構分析，而侷限於對物體一般表象和性狀的模糊認識之中。在這種非結構性的，不確定性的道氣基礎上，不可能在認識物件上實現自然現象和社會現象的分離。自然科學認識活動不能面對自然，將其作為科學認識和考察的獨立物件。同時，科學物件的進一步分化也很難實現。這樣，科學認識的進一步深入發展是困難的。相反，道氣的模糊性和籠統性，使其被人們作為一種媒介，隨心所欲地用自然現象來依附、論證政治、倫理原則。理論思維容易假借這種普遍形式、透過玄學和迷信的途徑走向宗教神秘主義。正是&ldo;道氣&rdo;這種既不能證實，也不能證偽的特徵，才使其為爾後的各式各樣的思想家、迷信家所廣泛接受和隨意使用。
墨子對自然科學認識物件的確立表現在兩個方面。一是將自然之物與社會人事相分離。二是從結構分析的角度研究了自然萬物的存在。孔子對自然現象亦有相當細緻的觀察，但他是將自然之物、自然現象作為&ldo;取辯之物&rdo;來論喻人生哲理，對自然現象的認識是依附於政治，倫理原則，或是用人事來類比自然現象，因而自然之物、自然現象不是孔子研究、認識的獨立物件。
墨子將自然現象和社會現象分開，面對著感官所感覺到的各種自然現象及在生產實踐中所碰到的各種科學技術問題，加以分析、研究。自然物體、自然現象作為自然科學認識物件的確立，使墨子的科學活動能建立在客觀的，分析的，理性的經驗的基礎之上。
墨子在科技實踐中，對一些自然現象進行了比較仔細的觀察，研究了自然物體的存在方式，物體的結構，物體存在與屬性之間的關係，物體的運動和靜止，從而抽象出一批反映自然事物的概念。墨子對自然事物的認識更注重從可測量性，可觀察性的角度出發，這是對自然物體、自然現象進行科學認識的起點。
墨子堅持從物體的內部結構來說明自然物體獨立存在的客觀性，提出了&ldo;端‐體‐兼&rdo;的結構層次觀念。墨子從物體本身的物質構成來說明物體存在的形式及變化的原因。堅持從最簡單的，可分析的因素來理解物體的宏觀現象，從而使科學認識建立在對自然物體具體分析的基礎上。這樣，自然界作為認識的一個獨立研究的客體的思想，在科學認識活動中具體化、明確化了。對自然物體的認識，可以從它們本身存在的結構上一層層分析下去，並且這種分析都是建立在堅實的物質性的基礎之上。對研究物件從結構上分析是自然科學認識、思維活動深入發展的必經一環。
墨子對物質本原的認識，與古希臘的原子論思想有類似之處，針對&ldo;混沌一氣&rdo;的觀點，墨子提出了時空元的觀念。墨子用&ldo;端&rdo;這個概念來表示事物存在的最小空間單位，&ldo;端，體之
