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然後方以智論述了自然科學和哲學的關係：&ldo;質測即藏通幾者也，有意掃質測，而冒舉通幾，以顯其密之神者，其流遺物&rdo;，&ldo;通幾護質測之窮&rdo;，&ldo;不可以質測廢通幾，不可以通幾廢質測。或質測，或通幾，不相壞也&rdo;。
方以智透過自己深厚的自然科學修養和哲學修養，對當時的西方傳教士傳過來的知識進行了批判性的吸收，他說&ldo;遠西學人，詳於質測而拙於通幾；然而志士推之，彼之質測，猶未備也&rdo;。
方以智透過對《崇禎曆書》中第谷宇宙體系的分析得出結論&ldo;絕對靜止的天是不存在的，所謂&l;大造之主&r;不過是運轉不已的自然之天體。傳教士所謂的上帝不過是臆說。他用理論用邏輯批判了傳教士的創世說，諷刺他們&l;詳於質測而不善言通幾，往往意以語閡&r;&rdo;。
十七、軍事上
徐光啟在崇禎四年（1631年）上疏建議組建以全火器裝備的現代化陸軍：&ldo;臣今所擬，每一營所用雙輪車一百二十輛，炮車一百二十輛，糧車六十輛，共三百輛。西洋大炮十六位，中炮八十位，鷹銃一百門，鳥銃一千二百門，戰士兩千人，隊兵二千人。……行之為陣，止之為營。遇大敵，先以大小火器更迭擊之；……敵在近，則我步兵以出擊之；若鐵騎來，直以炮擊之，亦可以步兵擊之。此則實選實練所致，非未教之民可猝得也。而不如是，又不足以破敵。……臣言三聚當用6萬人。若悉皆招募，費必不資，亦未可遽得。……若先練一營之人，先辦一營之器，兩者齊備，既成營矣。一營既成，更辦次營，6萬人當為15營。若成就四五營，可聚可散，則不憂關內；成就十營，則不憂關外；十五營俱就，則不憂進取矣。倘止完一二營，僅可協助大城為守，未堪野戰也。此臣所謂車戰之制，應須選募同強，教練同習，營陣同法，器械同利者也。其見在之兵，則速召孫元化於登州，令統兵以來，可成一營矣&rdo;
這個計劃得到了崇禎皇帝激切讚賞和大力支援。
遺憾的是幾個月以後孫元化被賣國賊叛軍孔有德俘，後放回，孫元化因為瀆職罪而被處死。使得徐光啟的練軍計劃落空，但他卻已經指明瞭中國近現代軍事的發展方向了。沒有滿清的中斷，中國在軍事上只會領先於同期的西方而不可能落後。
這裡介紹一下孫元化，他是徐光啟的學生，也是徐光啟新軍事思想的大力實踐者，孫元化本身在科學上有相當造詣，著有《幾何體論》《幾何用法》《太西算要》。可以說沒有登州事變，沒有孔有德這個喪心病狂的賣國賊的叛變，他會訓練出一支相當強大的火器部隊來，徹底殲滅滿清是沒有問題的。
十八、海洋力量
鄭芝龍在明朝官方的支援下發展成為擁有三千多艘海洋貿易船隻，超級龐大的海上貿易集團。根據當時書籍記載，當時鄭芝龍集團勢力已經達到&ldo;凡海舶不得鄭氏令旗，不能來往，每舶例入二千金，歲入以千萬計，以此富敵國&rdo;
十九、機械工程學與物理學
明朝人王徵，萬曆二十二年中舉人，天啟二年中進士，根據臺灣方豪先生著《中西交通史。王徵自製腳踏車、自轉磨、虹吸、鶴飲、刻漏、水銃、連弩、代耕、輪壺，同鄉人把他當作諸葛孔明復出。
王徵和金尼閣合作翻譯《西儒耳目資》，是中國第一部羅馬字注音專著。王徵和西方傳教士鄧玉函合作翻譯編寫創作《遠西奇器圖說》，是中國第一部系統引進西方機械工程學與物理學的著作。王徵在自序中說明瞭自己的取捨原則：&ld
