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攻打下爪哇島、蘇門答臘島，基本就等於統一了東印度群島。
鄭明用終於實現了自己的諾言：“平南洋，”用實際行動證明自己不是袁崇煥一樣的人，只會誇誇其談。
雖然鄭明下手狠了一點，屠戮了島上大部分的暴徒，甚至有滅族的舉動，但是依然得到朱由檢的賞識。
“大國天威不可冒犯，本來就想滅了你們，你們倒好，自己送上門來了，這省去了大明不少的功夫。”想到這裡，朱由檢不由得佩服起鄭明：
“你小子有兩把刷子呀，可堪重用！”
“來人呀，著人加封鄭明為南國公，建立南洋都指揮史司，以鄭明為南洋都指揮史。節制南洋各島，專門經略南洋，進一步開發收服東印度群島。”
要知道這東印度群島有上萬個島，很多島上還有各種土著人 ，這些島以後就都歸鄭明管理了。
鄭明一舉封為南國公，當上南洋都指揮使，令毛雲鵬羨慕的不要不要的。
同樣都是將門之後，這一下子，毛雲鵬就被鄭明甩開十萬八千里，這個差距可就太大了，毛雲鵬有點接受不了。
要說出道，毛雲鵬可比鄭明。早了好幾年，論資歷也比鄭明高，如今鄭明。當了國公不說，還當上了指揮使，節制毛雲鵬。你說這毛雲鵬能不鬱悶嗎？
不過這也不賴別人，當初朱由檢可是欽點你毛雲鵬經略東印度群島的，是你自己不要去的。
不過毛雲鵬還是有機會的，南洋諸島都被大明王朝拿下了，連成一片，但是馬來半島依然有荷蘭人盤踞，半島背面還有法國人盤踞，只要毛雲鵬夠努力，機會還是有的。
毛雲鵬不甘心只做一個納土納男爵，開始奮發圖強、厲兵秣馬，準備攻取馬來半島。
同年年底，馬來半島出現暴亂，毛雲鵬以當地的荷蘭人排華屠殺華人為理由，派兵強行登陸，攻擊馬六甲城。經過一番惡戰，打跑了最後一批荷蘭殖民者。順利的佔領了馬來半島。
原來這毛雲鵬這些年在馬來半島安插了大量的臥底，此外朱由檢又賞給了毛雲鵬一百多支馬克沁機槍，才成功的助毛雲鵬入主馬來半島。
這馬來半島宛如一顆璀璨的明珠，鑲嵌在南洋的中心，其戰略位置極其重要，牢牢控制著馬六甲海峽。這馬六甲海峽，乃是連線印度洋與太平洋的咽喉要道，無數商船、戰艦往來穿梭，掌控此處，便掌控了世界貿易與海洋霸權的關鍵。
拿下馬來半島，毛雲鵬也憑此功績被朱由檢封為馬來伯，任馬來總兵。
從此，南洋這萬里海疆盡歸大明王朝所有。島上各個族群，無論是華人、馬來人還是其他民族，都親眼目睹了大明王朝的強大與威嚴。他們紛紛心悅誠服地奉朱由檢為萬民之主，萬王之王。
在大明的統治下，南洋地區迎來了前所未有的和平與繁榮。商船往來頻繁，貿易蒸蒸日上，不同文化在這裡相互交融。各地建起了學校，傳播著儒家文化；港口城市日益繁華，成為了世界貿易的重要樞紐。
拿下南洋以後，大明王朝東洋海軍在太平洋一帶再無敵手，但是面對茫茫的太平洋，僅僅依靠大明王朝的東洋海軍是不夠的。
朱由檢打算重新改組東洋海軍，建立新的大明王朝海軍。
新的海軍將命名為：大明王朝海軍太平洋聯合艦隊，太平洋聯合艦隊下面分為東洋艦隊和南洋艦隊。
東洋艦隊管理長江以北，經東瀛群島，一直到阿拉斯加的海域。
南洋艦隊以長江為界，管理長江以南一直到明洲（澳洲）的海域。
太平洋聯合艦隊的總司令依然由定海伯黃龍擔任，東洋艦隊司令由東平伯劉香擔任。南洋艦隊司令由李定國擔任。
不過此時的太平洋聯合艦隊總共才三十
