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十六屆四中全會的主題儘管是如何提高執政黨的執政能力，但外界最關心的乃是江澤民辭去了他的最後一個職務，即中共中央軍委主席。胡錦濤因此集黨（總書記）、政（國家主席）、軍（軍委主席）最高權力於一身。集三權於一身並非新鮮事，因為之前的江澤民也是這樣做的，但是，這次完成三權一身的權力交接的意義卻是非凡的，這不僅在於其深化了權力交接班的制度化，而且還促進了黨軍關係或者軍政關係的變化及其制度化。簡單地說，中國的軍政關係正逐漸向美國模式靠近。
在黨政軍三權一體中，人們往往只強調黨軍關係而大大忽視了軍政關係。在大多數觀察家看來，這種關係的核心就是中共的傳統，即黨指揮槍，黨對軍隊的絕對控制。這一點當然並沒有錯，只要中共是唯一的執政黨，這一點不太可能會改變。但是如果考量到這三權一體中的軍政關係，那麼就可以看出其中所包含著的制度合理性了。
首先一點就是三權一體體制的制度化。江澤民曾這樣做，現在胡錦濤也這樣做，相信胡錦濤之後的繼承人也會繼續這個慣例。當然最理想的就是軍委主席這個職位和國家主席有機地聯絡在一起，而不是像現在這樣過了一段時間才合在一起。這裡的邏輯在於：執政黨的總書記是當然的國家主席，而國家主席就是當然的軍事首腦（現在的名稱是國家軍委主席）。儘管這個邏輯還沒有完全制度化，但已經包含在江澤民以來的中國政治實踐中了。
在先進國家，軍隊是國家的軍隊。黨不是直接掌管軍隊的，而是透過掌握政權，組成政府來掌握軍隊的。中國由於特殊的歷史原因，形成了特殊的黨軍關係，即軍隊屬於黨。但是，隨著國家政治制度的現代化，軍隊必然最終要成為國家軍隊。但黨又要控制軍隊，怎麼辦？這要求黨尋求制度途徑，透過政府來控制軍隊。由國家主席（政府首腦）來控制軍隊就是最好的制度途徑。如果這種轉型能夠完成，中國的軍政關係就可以和世界先進國家接軌了。從現在的發展來看，這種轉型似乎已經開始。現在是國家的軍事委員會和黨的軍事委員會並存，一套人馬，兩塊牌子。制度形式已經存在，取決於強調的是哪一個方面了。隨著改革的深化，如果能夠把重心從黨的軍事委員會轉移到國家的軍事委員會，而國家主席又是當然的國家軍委主席，那麼制度的理性化就不成問題，黨、政、軍之間的關係也就可以理順了。
其次，四中全會後的中央軍委組成明確體現了專業和職業精神。除了胡錦濤主席是文人外，其他的都是職業軍人。專業化一直是從鄧小平到江澤民的中共領導層所追求的目標，在各個方面已經有了很大的進步。軍務由職業軍人來管理，但軍人和政務相對分離開來，軍人不幹預政務，這些原則在近年來開始體現在制度上。在1997年中共十五大上，隨著劉華清將軍從政治局常委退出，中共高層不再有軍人代表。十六大也是這樣，可以期望這個實踐以後會繼續下去，直至最後變成制度性的規定。
這次調整後的中央軍委，委員的人數有很大的增加。人數不是最重要的，它是可以變化的，重要的是這些委員來自各軍兵種。這個變化一方面反映了當前中國所面臨的實際問題，主要是臺海局勢緊張，軍隊必須隨時準備好突發事件；但更為重要的是它反映了有關軍事決策模式的變化。以往，各軍兵種直接聽從中央軍委的領導，不能直接參與最高層的軍事決策。這樣做強調的是黨對軍事的直接控制，但也會出現問題。一是協調不夠，各軍兵種的利益不能反映在高層的決策中，一些決策也就難以協調各軍種之間的事務。這也是海外學者擔心中國軍隊中流行地方主義和部門主義的原因。同時，因為沒有參與，高層決策也難以反映軍方職業軍人的專業觀點。四中全會的這種變化應當說為軍人的專業觀點影響高層軍事決策提供了一個制度化
