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滿朝文武都看出了皇帝的心思，紛紛指責李陵，力請族誅其家。只有太史令司馬遷一人挺身而出，為李陵辯解，極言道：&ldo;李陵率領不足五千人的步兵，深入匈奴腹地，打擊了幾萬匈奴騎兵，直到最後，矢盡道窮，援軍無望，仍與匈奴殊死拼搏，就是古代的名將也不過如此。他雖然打了敗仗，可是殺了這麼多敵人，足可以向天下人交代。李陵不肯盡死節，一定是想以後將功贖罪來報答陛下，請陛下曲加寬宥。&rdo;
劉徹怒氣正盛，恨不得立即將李陵碎屍萬段，認定司馬遷所言不過是想替敗將遊說，尤其極力誇說李陵殺敵之多，分明是暗示貳師將軍李廣利無能，正好戳中皇帝的痛處，令自高自傲的劉徹當朝大失面子，暴怒之下，立即將司馬遷逮捕下獄。
司馬遷是前任太史令司馬談的兒子，與李陵雖同居茂陵，卻算不上深交，只是看不過安享富貴的朝臣對前方冒死涉險的將領毫無同情心，出於公義出面陳說李陵投降是出於無奈，哪知道觸怒皇帝，被定了誣罔的罪名，關押到若盧獄。若盧獄屬於少府管轄，在黃門內寺，專門用來關押將相大臣犯罪者，算是高階監獄。獄吏頗敬重司馬遷的為人和學識，他倒也沒有吃太多苦，然而終究還是身在監獄中，度日如年。
終究還是有李陵的確切訊息傳來，原來他只是被俘，並沒有投降。皇帝心中頗多悔意，後悔自己沒有及時救援李陵軍，特意派使者犒賞了李陵部僥倖突圍逃回的倖存者，又重新徵發大軍，分三路進擊匈奴：貳師將軍李廣利率騎兵六萬、步兵七萬出朔方，強弩都尉路博德率萬餘人跟在後面接應；遊擊將軍韓說率步兵三萬出五原；因杅將軍公孫敖率一萬騎兵、三萬步兵出雁門。其中李廣利一軍為主力，韓說軍從側翼牽制，公孫敖則被皇帝賦予一項秘密使命，那就是救回淪陷在胡地的李陵。
匈奴且鞮侯單於預先得知漢軍進軍路線，急忙將老弱民眾及牲畜撤退到餘吾水以北，自己則親率十萬騎兵埋伏於餘吾水南。不久，李廣利大軍至餘吾水，匈奴兵出擊，李廣利大敗而歸。遊擊將軍韓說一軍未遭遇匈奴軍，無功而返。而身負營救李陵使命的公孫敖則遇上匈奴左賢王狐鹿姑，交戰後大敗而歸，因失亡部屬過多，被判腰斬。
公孫敖為了推脫責任，詐稱李陵教且鞮侯單於布兵防備漢軍。劉徹年老多疑，聞報大怒，立即下令族誅李陵家屬。漢家律法，降敵者誅其身，沒其家。可因李陵是天子近臣，受刑格外重，被夷三族，李陵母親、妻子韓羅敷、堂弟李禹均被腰斬處死。李禹之妹李柔為太子劉據最寵愛的侍妾，也被賜毒自殺。李家唯有李禹同父異母妹李悅因是皇帝外甥女梅瓶所生，得以保全性命。李氏從此名敗，隴西李氏均以李陵為恥。
受李陵牽累，一直被囚禁在若盧獄中的司馬遷也立即被判處死刑。漢家律法允許交錢和受腐刑來贖死罪，但司馬遷家境貧寒，拿不出五十萬錢來贖罪，他最終選擇了被時人視為奇恥大辱的腐刑，以此來換取活命的機會，好有時間完成修史的志願。
那一日，司馬遷被剃光頭髮，戴上枷鎖，轉押到廷尉獄腐刑室受刑。腐刑即割掉男子的性具，破壞人的生殖能力，受刑後往往畏寒，只能待在溫度適中、密不透風的房間中，類似養蠶的溫室，因而囚禁宮刑罪犯的牢房又稱為蠶室。司馬遷在腐刑室被閹割掉生殖器後，隨即轉押到蠶室。
所謂&ldo;禍莫憯於欲利，悲莫痛於傷心，行莫醜於辱先，而詬莫大於宮刑&rdo;，尤其在大漢這個看重氣節的朝代，人們普遍認為人格尊嚴超過了生命本身，這也是為什麼漢名臣多自殺的原因。司馬遷由此陷入極大的痛苦和恥辱中，多次想到要自殺，可是一想到還有文章未完成，終於還是強忍悲痛，苟活了下來。
過了幾個月，皇帝大赦天下，司馬遷出獄，以刑餘之人任
