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有些害怕，鳴人用激將法使佐助振作起來。但實力懸殊，佐助被大蛇丸在脖子上留下天之咒印，並暈了過去。鳴人亦中大蛇丸的五行封印，九尾查克拉被封印起來而昏迷過去。櫻只得自行照顧佐助及鳴人。[23] 三人恢復之後，又繼續考試，但時間所剩無幾。幸得藥師兜前輩指點，擊敗三名雨忍成功奪取卷軸過關
第三場考試分預賽及淘汰賽。鳴人的預賽對手是犬冢牙和赤丸。牙的秘術一度使鳴人處於下風；但鳴人卻用計令牙誤傷赤丸，又因突然放了一個屁，嚴重影響牙的進攻，用自創的體術打敗了牙。賽後，鳴人受到“三忍”之一自來也的幫助，解除五行封印，又學會了控制查克拉和通靈之術。
進入淘汰賽，鳴人遇上有“天才”之稱的日向寧次，被寧次的攻擊封住穴道而使不出任何查克拉，但因賽前得到指點，釋放九尾的查克拉擊敗寧次，獲得全場歡呼。
之後砂忍及音忍發動襲擊，兜竟也是大蛇丸的部下。佐助急於追趕我愛羅，卡卡西命令鳴人等人務必阻止佐助胡亂行動。我愛羅開始化身守鶴，打倒了佐助與櫻。鳴人拋開恐懼與我愛羅交戰並將其壓制，後來我愛羅進一步化成完全體的“砂之守鶴”，鳴人亦通靈出蛤蟆文太，再組合變身為九尾妖狐，控制住守鶴。鳴人把正沉入睡眠中的我愛羅撞醒，守鶴力量被壓制起來。最後鳴人一拳打倒我愛羅。二人雙雙倒地，鳴人在對話中解開了我愛羅一直以來的心結。櫻及佐助獲救，我愛羅等人也撤離木葉。[24] 眾人回到木葉後，卻收到三代在與大蛇丸的對決中犧牲的噩耗。[24]
擊敗我愛羅
三忍決戰
火影位置空缺。自來也帶鳴人尋找綱手，並嘗試教鳴人“螺旋丸”。綱手原本瞧不起鳴人，對鳴人成為火影的理想感到可笑，後與鳴人約定若鳴人一週內學會螺旋丸，就把項鍊給他。鳴人為實現約定而努力修煉。[25]
修煉螺旋丸
在三忍決戰中，鳴人捨身保護綱手，以螺旋丸重創兜。被感化綱手的終於決定回村擔任火影，又按約定送項鍊給鳴人，把一切希望都託付在鳴人身上。[26]
追捕佐助
聽聞鳴人的表現，佐助深感自己力量不足，欲追求更強大的力量，以向哥哥鼬報仇，於是聽從了“音忍四人眾”的勸誘、投奔大蛇丸。木葉雖收到佐助叛離的情報，但因之前受到襲擊，百廢待興，只能派鳴人、鹿丸等人去追捕。臨行前，鳴人與櫻定下約定——把佐助帶回木葉。
第二次終末之谷的決鬥
鳴人等人途中先後遇上四人眾的阻撓，而夥伴們亦豁出性命讓鳴人追上佐助。但又突然出現更強的敵人君麻呂，鳴人試圖用影分身之術對付君麻呂，但不起作用；李洛克和我愛羅及時趕到，使自己可以繼續追趕佐助。二人最終在終末之谷展開決鬥。最終進入二重咒印、使用寫輪眼與千鳥的佐助，擊倒了使用九尾力量與螺旋丸的鳴人，但未下殺手。[27] 事後鳴人為變強而跟隨自來也在外修行。[28]
踏上修行的旅途
營救我愛羅
兩年後，鳴人迴歸木葉，與卡卡西、櫻重組第七班。三人收到緊急增援砂隱的任務，與千代婆婆前去營救現任風影我愛羅。中途鳴人一度中了鼬的幻術，幸被千代與櫻解除，隨後與卡卡西擊敗了鼬的分身。[29]
我愛羅被抽出尾獸而死。“曉”成員迪達拉用我愛羅的遺體挑釁鳴人。鳴人在卡卡西勸導下勉強保持冷靜，並配合卡卡西將迪達拉擊落，但在確認我愛羅已死後還是因激動而外漏妖狐外衣。卡卡西急忙用自來也給的符制住鳴人。迪達拉則用自爆分身逃走，卡卡西耗盡體力轉移了爆炸。
千代被鳴人所表現的真摯友情感動，於是犧牲自己用轉生之術復活了我愛羅。
