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武德元年八月，薛舉病歿，薛仁杲嗣位。
李世民對於前次兵敗耿耿於懷，自請出師，得到李淵允准。
這次李藥師沒有隨行，因為李藥王去世了。
社稷板蕩時期，所有官兵照例奪情起復，移孝作忠。
雖然不得守孝，但喪禮總得備辦。
李藥師、李客師得到三十六日喪假，攜眷趕回昆明池。
他們兄弟感情篤厚，卻也只能節哀盡禮，將李藥王的棺槨暫厝於昆明池南的山麓。
李藥師雖然不在身邊，李世民仍與他書信往還。
西秦軍的優勢在於素有“隴西鐵騎”之譽的騎兵，騎兵的根本則在良馬。
西魏、北周以至隋代，主要的養馬牧場都在隴西，這裡自然擁有最優秀的騎兵。
不過這方面唐軍也不遑多讓，北朝諸代都將隴西幼駒遷至關中，調教訓練之後供朝廷使用。
李藥師在隋代曾經任職駕部，對此非常清楚。
西秦軍的劣勢則在兵力。
薛舉號稱三十萬大軍，但隴西諸郡合計僅八萬戶，四十萬口。
縱使極限動員，也不過八萬人馬。
西秦西方必須防禦西涼李軌，還得留守其根據地折墌城，因此能夠出師東方的，頂多兩、三萬兵員。
所以前次，殷開山才會因為敵軍不如預期之眾而執意出擊。
不過這方面唐軍同樣窘困。
當時李淵麾下大約二十餘萬兵員，必須同時顧及太原、潼關、河東、山南等前線，還要守禦長安。
因此能讓李世民帶往隴西的，也只有兩、三萬人馬。
西秦軍與唐軍的最大差異在於糧秣。
隋代六大糧倉中，華州的永豐倉在李淵入長安後就由唐軍掌控，陝州的常平倉在屈突通歸降之後也進入唐軍勢力範圍。
然而薛舉起兵，靠的只是隴西的地方倉儲。
因此李唐的財經狀況，大大優於西秦。
分析敵我形勢，李藥師認為前次李世民的戰術完全正確。
西秦糧秣不濟，兵將靠的是一股銳氣，過於急躁，缺乏耐心。
薛舉時期已是如此，薛仁杲性格比他父親更為酷烈，也更禁不起持久拖延。
於是李世民鄭重告誡隨行諸將，對方前次大勝，必定輕敵好鬥，然而驕兵必敗。
我軍此時須築深溝高壘，堅壁清野，以挫其銳氣。
待敵方氣衰，然後奮擊，必可一戰而破。
因此嚴令：“敢言戰者斬！”
如此，兩軍相持將近三個月。
薛仁杲御下苛虐，暴勇無謀，時間一久，糧餉不濟，非但士卒脫逃，甚至手下官吏都率眾歸降李唐。
此時唐軍待戰已久，李世民一聲出擊，勁卒快馬奮勇酣戰，大破西秦軍於淺水原。
這年十一月，李世民率軍直搗折墌城，擒縛薛仁杲而歸。
薛仁杲伏誅，隴西遂平。
在李世民與薛仁杲對峙的兩三個月中，“天下”局勢丕變：李密歸降李唐，這代表東都出現極大變化。
當初李世民接到李淵撤軍的命令，依李藥師之計大敗段達，抽身返回長安。
那時東都附近，尚餘王世充、李密、宇文化及三家勢力。
李密聽說宇文化及直撲黎陽搶糧，即刻回師救援。
如此，瓦崗軍就變成兩面受敵。
不過東都內部也有矛盾。
楊廣遭到縊弒，王世充擁立越王楊侗。
對於東都來說，宇文化及縊弒先帝，乃是怙惡不悛的國賊，而瓦崗只是據地起事的草寇。
何況王世充專橫跋扈，楊侗其實希望能借李密之手
