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4月5日，繼續進行談判，這次伊藤海軍中將和福留海軍少將代表軍令部出席。會議中間，渡邊海軍中佐直接跟&ldo;大和號&rdo;旗艦上的聯合艦隊司令部通了電話，請示他應該採取的立場。回到坐位後，渡邊以不妥協的口氣闡述了山本長官的主張，他說：
&ldo;歸根結底，我們太平洋全盤戰略的成敗取決於能否殲滅美國艦隊，尤其取決於能否殲滅美國特混艦隊。軍令部主張切斷美澳之間的供應線。軍令部將透過把某些地區置於日本控制之下來做到這一點，但達成這一目的最直接和最有效的途徑是殲滅美國特混艦隊，沒有這支部隊，這條供應線無論如何也不能維持。我們相信，發動中途島攻略作戰，我們就可以誘出敵航空母艦，在決戰中把它殲滅。另一方面，如果敵人避開我們的挑戰，我們就可以把防禦圈毫無阻礙地推進列中途島和阿留申西部，而仍可以從中得到巨大好處。&rdo;
顯而易見，山本海軍大將根本不想向軍令部的反對意見讓步。由於無法打破僵局，福留海軍少將無可奈何地向伊藤海軍中將建議軍令部同意中途島作戰方案。伊藤默然點頭表示同意。
關於執行中途島作戰的基本方針，經過反覆討論後，達成了協議，但在行動寸間上雙方仍然有分歧。聯合艦隊提出把行動日期訂在6月初，但軍令部堅持要把日期推遲約三個星期，以便有更多的時間進行準備。但聯合艦隊司令部堅持原議，認為必須在滿月的時候發動進攻，拖延一個月會嚴重影響成功的機會。4月13日，聯合艦隊派航空參謀佐佐木秋海軍中佐前往東京，向軍令部強調這些理由。
聯合艦隊的方案雖然在軍令部引起了強烈反對，但卻毫不費力地得到了陸軍參謀本部的同意。不過，陸軍方面的欣然同意給予合作並非由於他們對海軍的政策的看法有了改變，而是因為中途島一阿留申作戰主要是海軍本身的事，只需要陸軍提供少量部隊來加強海軍特別陸戰隊。
在聯合艦隊的下一級指揮宮中，對中途島作戰計劃的反應是不一樣的。負責守備本土東北部的細萱戍子郎海軍中將的第五艦隊，早就盼坐看到在太平洋東面海上發動一場大規模的戰役，他們自然歡迎聯合艦隊的計劃。但在東南亞作戰的冢原二四三海軍中將的第十一航空艦隊，則感到有些失望。第十一航空艦隊根據3月初聯合艦隊中的氣氛，滿以為下一場大仗將莊印度洋上進行，而且已經把司令部遷到了曼谷作為準備步驟。現在，它的岸基飛機是不可能參加中途島作戰的。
只有負責在西南太平洋廣大水域作戰的井上成美海軍中將的第四艦隊坦率地表示反對。在最初制訂中途島作戰方案的時候，聯合艦隊曾派軍需參謀到特魯克，跟井上海軍中將和他的幕僚商議在佔領中途島後由第四艦隊負責向該島運送補給的問題。但是，井上海軍中將顯然覺得，日本國力有限，佔領中途島後，日本海軍必須對廣大地域進行保衛，這是很危險的。他直截了當地說，他不相信第四艦隊有能力擔負給中途島運送補給的任務。據說，聯合艦隊軍需參謀馬上忿然而去，並宣稱，既然不能依靠第四艦隊，只好把這個任務交給岸基航空部隊去完成。
聯合艦隊在制訂中途島作戰方案時，完全沒有徵求在中途島作戰中擔負重要任務的兩位艦隊司令長官‐‐第二艦隊的近藤海軍中將和第一航空艦隊的南雲海軍中將的意見。直到4月中旬，這兩支艦隊一直在南線積極作戰，山本海軍大將不願分散他們的注意力，所以沒有讓他們參與制定中途島作戰方案。但是，由於沒有和他們磋商，於是便產生了這樣的問題：能否根據對這兩支主要部隊情況的正確瞭解來制訂作戰計劃。
到四月中旬，聯合艦隊和軍令部之間，對於中途島作戰計劃的細節，還在爭論不休。顯然，軍令部雖然在原則上
