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抵抗，終因傷亡過重，放棄陣地潰逃。左翼潰敗使得中央奧軍處於不利狀態，法軍中央和右翼部隊乘勢猛攻。中央麥克唐納軍團的26營人排成每邊長達一公里的方陣，率先向敵軍中央陣地席捲而去。儘管損失重大，最終還是突破了奧軍中心，後面的部隊隨之而來。奧軍被迫全線後退。下午4時，查理大公得知他望眼欲穿的援軍即他弟弟約翰大公的部隊還在十多公里之外，不覺大失所望。至此，他那用弧形防線圍殲法軍的計劃已基本失敗，他雖把法軍已誘進他的網裡，但他已沒有力量拉起網來，反倒讓法軍打穿了網底。傍晚時分，查理大公見取勝無望，便下令全線撤退。奧軍有秩序地撤出戰場，留給法軍的戰利品只不過是9門火炮和一面軍旗。
瓦格拉姆一戰，奧軍死傷32000餘人，被俘7500餘人，其損失不亞於奧斯特里茨戰役。然而，法軍付出的代價也是極其高昂的，法軍損失了27000人。麥克唐納因在這次戰鬥中表現突出，榮獲殊榮，拿破崙在戰場上授給他元帥節杖。
此後整整一個星期內，法軍都在繼續追擊退卻中的奧軍。7月11日，奧皇弗蘭西斯派出使者，請求休戰，拿破崙欣然同意，但提出了苛刻條件：凡是法軍在休戰時刻已經到達的地方，哪怕只有幾名法軍到達，奧軍都要撤走，而且在最後和約簽訂之前，這些奧軍應留在法軍手裡作為人質。奧皇不得不對這些條件表示同意。
談判開始了，洩了氣的奧皇準備忍受一切。他現在開始咒罵那些促使他進行這場戰爭的人。他清楚地記得在瓦格拉姆戰鬥之前拿破崙是怎樣懲罰教皇的，那麼瓦格拉姆戰鬥之後的奧地利又將是什麼命運呢？他實在不敢想下去。
雙方在肖恩布魯恩宮開始訂約談判。拿破崙開出的條件是：奧地利必須割讓一部分土地給法蘭西帝國，割讓另一部分土地給華沙大公國和俄國，同時付出13400萬法郎的戰爭賠款，將軍隊的人數限制在15萬人以內，繼續執行抵制英國商品的大陸封鎖政策。奧地利不甘心作出如此巨大的犧牲，他們與拿破崙討價還價，反覆懇求放寬一點條件，但勝利者毫不讓步。談判一直拖延下去，奧國認為一旦拿破崙在西班牙有新的失敗，他們就會有個談判的好機會，所以他們在等待時機。而拿破崙呢？儘管他希望儘快締結和約，以便把全部力量指向西班牙和英國，但他不能輕易放過奧地利，他要給他的帝國樹立威信，要讓整個德意志對他俯首貼耳。因此，不管奧國怎樣懇求，或施展詭計，都無濟於事。談判的結局似乎一天比一天遠，然而，一件意想不到的事情的發生促使了這個條約的儘快簽訂。
拿破崙每天清晨6點鐘都在肖恩布魯恩宮前檢閱軍隊。每逢這種場合，總是有許多人前來一睹拿破崙的風采。1809年10月13日這一天，閱兵儀式剛要結束，一位穿著整齊的年輕人穿過隨從人員乘坐的馬匹，朝騎在馬上的拿破崙走去。貝爾蒂埃發現這位年輕人形跡可疑，便攔住了他，這位年輕人說要親自向拿破崙呈交一份請願書。貝爾蒂埃從他的眼神裡看到了一種特別的表情，一種似乎是下了某種決心的表情，當即警覺起來。當這位年輕人不顧勸阻再次向拿破崙走去時，貝爾蒂埃示意一名近衛軍軍官上去逮捕他。年輕人未加抵抗就束手就擒了，從他的身上搜出了一把大餐刀。由於這一切都是在瞬間發生的，大家又都專心致志地注視著閱兵式，誰也不曾注意到這一幕。
檢閱完畢後，拿破崙命人將刺客帶到面前。這位年輕人大約只有19歲，臉色白皙，看上去文靜柔弱。他供認自己是從瑙姆堡來的一位大學生。拿破崙豈不及待地想知道這個受過良好教育的青年為什麼這麼幹，他急切地問道：“你為什麼要殺我？〃〃因為你毀滅了我的國家。〃〃我傷害了你嗎？〃〃同對所有德國人的傷害一樣。〃〃你是第一次見到我嗎？〃〃我在愛爾富特
