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聯盟在獲得神秘基地的資料後，迅速投入到緊張的備戰與研究中。科研人員們廢寢忘食地分析著那些珍貴的資料，試圖從中找出神秘組織武器和防禦系統的破綻，以及開發出能夠與之抗衡的新技術。
在軍事方面，根據神秘基地的資料顯示，神秘艦隊的能量護盾在特定頻率的能量衝擊下會出現短暫的不穩定。聯盟的科學家們立刻以此為突破口，研發出了一種新型的能量干擾武器。這種武器能夠發射出精確頻率的能量波，對神秘艦隊的護盾造成干擾，使其防禦能力大幅下降。同時，軍事專家們對聯盟的戰艦進行了全面升級，強化了裝甲的防禦力，並最佳化了戰艦的動力系統，使其在速度和機動性上都有了顯著提升。
鍾小川深知，僅僅依靠軍事力量的提升還遠遠不夠，聯盟內部的團結和穩定才是戰勝神秘組織的關鍵。他再次與那些曾經不配合清查行動的星球勢力進行深入溝通，這次他帶來了神秘組織對聯盟的威脅的確鑿證據，以及聯盟在應對危機方面的詳細計劃。在鐵一般的事實面前，這些勢力終於認識到了事態的嚴重性，紛紛放下了自身的利益糾葛，全力配合聯盟的各項行動。
隨著內部的逐漸穩定，聯盟的外交使團也取得了新的進展。在與光啟帝國的後續談判中，聯盟做出了一些合理的讓步，承諾在未來的科技共享和資源開發中給予光啟帝國一定的優先權。光啟帝國也看到了聯盟對抗神秘組織的決心和實力，最終決定與聯盟正式結成戰略合作伙伴關係。雙方開始共享部分軍事技術和情報，共同在邊境地區進行聯合巡邏和防禦部署，這使得聯盟在星際中的地位得到了一定程度的穩固。
然而，神秘組織似乎察覺到了聯盟的變化，他們的攻擊變得更加頻繁和猛烈。在一次大規模的突襲中，神秘艦隊突破了聯盟的一處邊境防線，對附近的幾個星球發動了猛烈攻擊。這些星球上的居民陷入了巨大的恐慌之中，聯盟的軍事力量立刻前往支援，但在戰鬥中卻發現神秘艦隊的戰術又有了新的變化。他們開始採用分散式的攻擊方式，利用小型的高速戰艦對聯盟艦隊進行騷擾和牽制，然後再派出主力戰艦對聯盟的關鍵目標進行致命一擊。
面對這一情況，鍾小川迅速調整了作戰策略。他命令一部分戰艦組成緊密的防禦陣型，利用新型的能量干擾武器對神秘艦隊的主力戰艦進行牽制，同時派出另一部分機動性強的戰艦對神秘組織的小型戰艦進行圍剿。在激烈的戰鬥中，聯盟艦隊逐漸掌握了主動權，成功擊退了神秘艦隊的這次進攻。但聯盟也付出了慘重的代價，許多戰艦受損嚴重，大量計程車兵在戰鬥中犧牲。
為了進一步提升聯盟的戰鬥力，鍾小川決定啟動一項名為“星際守護者”的計劃。這個計劃旨在選拔和培養一批精英戰士，他們將接受最嚴格的訓練，配備最先進的武器和裝備，成為聯盟在戰爭中的王牌力量。同時，聯盟還加大了對軍事科技研發的投入，鼓勵科學家們大膽創新，探索更多未知的科技領域，以應對神秘組織不斷變化的威脅。
在情報方面，聯盟的情報部門經過艱苦的努力，終於發現了神秘組織在聯盟內部的一個間諜網路的蛛絲馬跡。他們順著線索展開了一場秘密的抓捕行動，成功地揪出了一批隱藏在聯盟內部的間諜。這些間諜的落網，使得聯盟內部的資訊保安得到了極大的保障，也為聯盟的反擊行動提供了有力的支援。
在一次對神秘組織的偵察行動中，聯盟的情報人員發現了神秘組織的一個重要補給站的位置。鍾小川認為這是一個絕佳的打擊機會，他親自策劃了一場突襲行動。聯盟派出了一支由精英戰艦和“星際守護者”部隊組成的突擊隊，對這個補給站發動了突然襲擊。在突擊隊的猛烈攻擊下，神秘組織的補給站陷入了一片混亂。聯盟成功摧毀了補給站中的大量物資和裝備，給神秘組織的後續行動造成了嚴
