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以出獄。
劉師培投靠端方，叛變革命，出賣同志，為黨人所恨。蔡元培惜其才，極力為之辯護：“劉申叔，弟與交契頗久，其人確是老實，確是書呆！”章太炎也為其開脫：“今者文化陵遲，宿學凋喪，一二博通之才如劉師培輩雖負小疵，不應深論。殺一人無益於中國，而文學自此掃地，使禹域淪為夷裔者，誰之責耶？”
陳獨秀在給孫中山的上書中說：“大總統鈞鑒：儀徵劉光漢累世傳經。髫年岐嶷，熱血噴溢，鼓吹文明，早從事於愛國學校、《警鐘日報》、《民報》等處，青年學子讀其所著書報，多為感動。今共和事業得以不日觀成者，光漢未始無尺寸功，特惜神經過敏，毅力不堅，被誘僉任，墜節末路，今聞留系資州，行將議罰，論其終始，實乖大法，衡其功罪，或可相償，可否懇請賜予矜全，曲為寬宥，當玄黃再造之日，延讀書種子之傳，俾光漢得以餘生著書贖罪。……謹此布聞，伏待後命。”
劉師培先是背叛革命，倒向清廷，後又襄助袁世凱稱帝，為時人不齒。蔡元培任北大校長後，力排眾議，聘請劉師培為中國文學門教授，講授中古文學、《左傳》、《三禮》、《尚書》和訓詁學等課程。
關於劉師培到北大任教一事，據與晚年陳獨秀來往密切的臺靜農說：“關於申叔之入北大教授，據我聽到的，還是陳獨秀先生的意思。當袁世凱垮臺後，獨秀去看他，借住在廟裡，身體羸弱，情形甚是狼狽。問他願不願教書，他表示教書可以，不過目前身體太壞，需要短期休養。於是獨秀跟蔡先生說，蔡先生也就同意了。”
劉師培變節後，黃侃對其十分鄙夷。劉師培加入“籌安會”，為袁世凱鼓吹帝制時，曾在北京召集學術界知名人士開會，動員黃侃等人擁戴袁稱帝。劉的話未說完，黃侃即起身嚴詞拒絕：“如是，請先生一身任之！”說完拂袖而去。但劉師培遠離政治，到北大教書後，在北大的黃侃對劉師培再執弟子之禮。章太炎在為黃侃撰寫的《黃季剛墓誌銘》中說道：“自師培附帝制，遂與絕，然重其說經有法，師培疾亟，又往執摯稱弟子。”
劉師培病故後，黃侃作《先師劉君小祥會奠文》悼念老師：“我歸武昌，未及辭別。曾不經時，遂成永訣。始聞凶信，以師表哀。……我滯幽都，數得相見，敬佩之深，改從北面。”後又作《始聞劉先生凶信，為位而哭，表哀以詩》也說：“拜辭既歉闕，聞信翻疑猶。”
【玉折】
1919年11月20日，劉師培因患肺結核，醫藥罔效，病逝於北京，年僅三十六歲。臨逝前，他派人把黃侃叫至病榻前，“十分吃力地在枕頭箱子裡找出一部手抄本遞到黃（侃）的手裡”，並囑咐道：“這是我畢生研究得來的音韻學秘本，今天送給你作為臨別紀念，望你繼承下來，然後把它再傳之後代。”
劉師培與妻子何震曾育有一女，不幸夭折，膝下荒涼，身後極為蕭條。陳獨秀在喪禮上致悼詞，總結劉師培一生功過，在場師生無不為之唏噓。陳獨秀最後引用康有為的詩句悼念劉師培：“曲徑危橋都歷遍，出來依舊一吟身”。
據說，劉師培的遺稿存放在黃侃處；又有說法稱，劉的遺稿由何震交給了劉文典。劉師培去世後，其主要著作由南桂馨、錢玄同等人蒐集整理，編成《劉申叔先生遺書》。
《劉申叔先生遺書》中並沒有收錄劉師培交給黃侃的遺稿。到1928年時，黃侃還承認自己藏有劉稿，但到1934年底便“茫無端緒”了。有研究者認為，此時可能與黃侃藏書遭竊有關。“一·二八”事變發生後，黃侃搬遷，倉促中裝了八卡車書，運到採石磯暫存，不料被當地居民盜出，當作廢紙賣了。有學者猜測，可能劉師培的遺稿也一同被竊。倘若如此，又是學術界一大憾事。
【評惜】
黃侃說起劉
