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代表生命胚胎的生命之樹。
自己不知為什麼，有一股心幽的感覺從心底裡迸發出來。
有種時代過度感……
接下來，生命之樹會成為為把人類從第三次衝擊裡拯救出來的方舟嗎？還是消除人類的惡魔呢？未來……就將託付在碇的兒子身上了嗎？
冬月耕造看著螢幕上的十字生命之樹，他內心不斷猜測。
也不斷質疑……
指揮室內，大家都有一股末日危機感籠罩在心頭，揮之不去。
伊吹抱住枕頭埋把腦袋在裡面，哽咽問眾人：“我說……我們是在做正確的事情嗎？”
青葉茂和日向都迷茫，不知所措說道：“這種事情……誰知道呢？”
真嗣的意識來到一片海洋裡。
他赤裸著身體，浸泡在海水裡。
沒有邊際，沒有冷漠
空蕩蕩，隨波逐流
這裡是哪裡？什麼都看不見……一片空白。
什麼都感覺不到，我……死了嗎？
突然，一雙透明的手掌撫摸真嗣的臉龐，是綾波麗！
綾波麗在這裡顯得無比純潔無瑕，有一種說不出的溫柔和安靜。
她輕輕對真嗣說：“我是你的內心，是你的願望本身。
你在……渴望什麼？”
綾波麗那雙寶石般的雙眼，靜靜看著真嗣的瞳孔。
她等待答案，同樣也在等待未來到來。
二號機裡的明日香驚恐看向天空，看著消失不見的特號機和初號機後，趕忙開啟通訊連線。
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可惜得到的訊息結果都是嘈雜的噪音。
明日香從脖頸掏出一條項鍊，那是黃哲田送給自己的。
緊緊握住項鍊上的紅色珠子，明日香趴在膝蓋上默默祈禱：“不要有事啊……笨蛋。你答應過我的，不要再失約了……”
黃哲田的意識來到一個遊樂場，他坐在摩天輪其中一個艙裡。
看著日落慢慢往西邊落下，晚霞的紅光照在臉上。
他睜開眼睛，看到一道身影在自己身邊。
是綾波麗？不是！是碇唯！
她轉過頭，微笑問黃哲田：“我即是重啟，又是新生。我是你尋找的答案，你是我重啟的希望。
那麼，你的另外答案又是什麼？
我的希望又是如何完成？”
黃哲田看著面對面的碇唯，用食指點了點太陽穴說道：“我的另外答案是改寫結局，你的希望由我來重新改寫完成。”
叮咚——嗡
黃哲田站在火車軌道旁的站臺上，四周空無一人。
安安靜靜，沒有鳥鳴，沒有蟬叫……
火車駛來，轟鳴聲長長鳴。
視角一轉，黃哲田坐上火車，火車也是空無一人。
孤獨嗎？
我不覺得，這是真嗣的內心嗎？
惆悵嗎？
也不覺得……
為什麼我對外界都是一種無動於衷的狀態？
是我不在乎嗎？
是我不想嗎？
是我不合群嗎？
還是我不懂事？
黃哲田下了火車，場景轉換到學校。
那是他高中時期的學校……
他走進以前的班級教室裡面，同學們朗朗書聲，班主任老師盡心盡力講解知識點。
誰也察覺不到黃哲田得進來，他坐回原來的位置上。耳邊傳來竊竊私語。
甲女同學：“那個黃哲田怎麼天天嘻嘻哈哈，那麼癲？太傻13了，都不想靠近他。”
乙女同
