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後來猿飛日斬成了三代目火影，志村團藏成為了火影輔佐，他在三代目的授權下建立了根組織。
有些事火影不方便做的，便由他來做，團藏和“根”成為了木葉最直接有效的利劍。
以“寧錯殺，不放過”的姿態剷除村內外一切威脅。從那時候開始團藏就成了黑，而他的黑讓猿飛日斬能夠保持白。
在第三次忍界大戰中木葉與巖隱村的戰事陷入了膠著。
越來越多的年輕忍者獻出了生命，為了避免犧牲繼續擴大，三代火影向巖隱村遞去了和平協定。
勝負未分，豈能停戰？
志村團藏對猿飛日斬的做法很不滿意，他指責猿飛日斬讓之前付出的犧牲白費。
猿飛日斬無言以對，他是火影，要為戰果負責。
為了給這場“付出巨大犧牲卻沒打贏”的戰爭一個交代，他辭去火影一職。
在推選下任火影的會議上，團藏推選大蛇丸，大蛇丸雖然是猿飛日斬的徒弟，但他冷酷無情的做派和團藏是一致的。
不過猿飛日斬否決了。
他以大蛇丸得不到人心的理由封住了團藏的嘴。
猿飛日斬推薦在戰場上屢立奇功的“黃色閃光”波風水門為火影。
但是團藏不服，他質疑道：
“水門太年輕了！”
然而面對團藏的質疑，猿飛日斬表示自己退位後會持續指導他。
志村團藏被激怒了，你來指導？那木葉豈不是要一直軟弱下去？
他和猿飛日斬的關係迅速惡化，以至於後來九尾之亂髮生，水門犧牲後，猿飛日斬重登火影之位，忍無可忍的團藏甚至策劃刺殺日斬的行動。
然而面對團藏明目張膽的謀利，猿飛日斬又原諒了他。
“有光的地方必有黑暗，缺了哪一方世界都無法正常運轉。”
猿飛日斬的話讓志村團藏聽懂了。
團藏道：
“你是光，我是暗，一直如此。”
這次刺殺反而讓他們重歸於好了。
好人你來當，壞事我來做，有鍋我來抗。
這就是團藏，黑暗中的另一個“三代火影”。
你是沐浴陽光的樹葉，我是地底黑暗的根。
這句話很好的形容了猿飛日斬和志村團藏。
只可惜當猿飛日斬為了村子犧牲了，團藏的黑暗也就失去了意義。
他想效仿二代火影千手扉間，自己變成光，但是他又沒有扉間，日斬的勇氣。
他早已被證明沒有成為火影的資格。
後來，當他以“為了村子”當做擋箭牌時，他就註定會失敗。
秦玉打住想法。
將六個影的形象，性格等等印象輸入系統。
很快從虛空中踏出一位穿著紅色火影服，頭戴火影斗笠的白髮老頭，臉部佈滿皺紋，嘴裡還不忘叼著菸斗。他就是被譽為「忍術教授」的猿飛日斬。
隨後同樣穿著紅色火影服，頭戴火影斗笠的黑髮獨眼老者從猿飛日斬背後走出，就好像是從猿飛日斬的影子中出來似的。
被秦玉創造的團藏，已經開始用上寫輪眼的力量了。
右眼完全被繃帶擋住，下面藏著宇智波止水的眼睛，他還移植了初代火影柱間的細胞，因為手臂上十一隻“寫輪眼”具有極強的精神能量，所以需要此術來增加“肉體能量”與之平衡，但由於不是初代的完整複製品，其木遁之術只能透過右臂才能施展出來。
這個右臂也是被繃帶一圈圈隱藏了起來。
“哈哈，團藏，看你這樣子，你在s無嗎？”
給不懂的大大科普一下。
[s的命名源於spy這個
