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面對明治政府的常備軍從無到有，福澤諭吉在慶應義塾所做的明治七年元旦獻詞裡，就說到了當時人民對待常備軍的心態：&ldo;現在政府建立了常備軍，人民本應視為護國的軍隊，興高采烈地祝其壯大，然而事實上卻反而把它看成是威嚇人民的工具，只有心懷恐怖。&rdo;這可不是杞人憂天。畢竟，在帝國常備軍從無到有，從弱小到強大的過程中，人民始終沒有控制這支軍隊的機制可資利用。1877年的西南戰役，凸顯了政府的暴力能力，迫使不滿者打消武裝叛亂的念頭，改用依靠言論和政治鬥爭的手段去反對政府。西鄉隆盛，這個明治時代最受歡迎的英雄，他的自殺，標誌著一個舊時代的結束和一個新時代的開始。此後，沒有任何國內的反對勢力可以讓政府畏懼了。西鄉隆盛的刀都能夠制伏，板垣退助的筆又何足懼？只要軍權在手，就像1881年巖倉具視那句態度強硬的話所說的那樣‐‐&ldo;陸海軍與警視，皆吾物也&rdo;，靠嘴、筆、普選、多黨競爭……從1868年到1945年，幾代人也沒有和平演變出一個共和政體來。
&ldo;軍權永歸至尊&rdo;
明治初期，軍政大權透過太政大臣的輔佐來行使，陸軍卿和海軍卿沒有直接輔佐天皇之權。1878年，設立參謀本部，把軍令機關獨立出來了。參謀本部主管對內對外的作戰準備。參謀本部長既不受陸軍卿管轄，也不受太政大臣管轄，而是直屬天皇。1879年10月，陸軍組織條例規定：&ldo;日本帝國陸軍一律直屬天皇陛下&rdo;&ldo;凡有關軍令之事項，由參謀本部長負責上奏和策劃，經天皇親自裁決後，由陸軍卿執行之&rdo;。這樣一來，軍令機關的獨立，就成了不可動搖的原則。除了天皇以外，對於軍部，任何人都沒有命令它的權力，而天皇則可以依靠參謀本部長的輔佐下達任何命令。
不過，統帥權獨立有個小插曲。
1874年4月，日本侵略臺灣。陸軍卿山縣有朋當時對於對清戰爭缺乏信心，可是政府不顧他的反對，在7月9日下令陸、海軍省做戰爭的準備。當時，陸軍卿因為沒有兼任參議，在決定國家最高決策時，根本不能置喙，據說，出於對這種狀況的不滿，後來就使他堅決要把統帥權獨立出來。
統帥權的獨立，意味著把軍權從太政官掌管，變成了由直屬天皇的參謀本部掌管，而不受太政官幹預，使軍隊絕對服從天皇。因為按照1868年頒布的《政體書》，&ldo;天下之權力皆歸太政官，使政令無出於二途之患&rdo;，而1871年《太政官制》又進一步明確了太政大臣&ldo;輔佐天皇，總攬庶政，統轄祭祀、外交、宣戰、媾和、訂約之權，海陸軍之事務&rdo;。當時的重臣之中，只有大隈重信擔心統帥權獨立可能會導致軍權壓倒文權。
1885年，改太政官制為內閣制。伊藤博文出任第一任內閣總理大臣。按照《內閣職權》的規定，各省大臣須隨時向內閣總理大臣匯報他們主管事務的情況，&ldo;但事關軍機，應由參謀本部長直接上奏者，陸軍大臣亦須將其事件報告內閣總理大臣&rdo;。在這一點上，總理大臣和太政大臣的地位有所不同，按照太政大臣三條實美的說法，在明治維新之初，&ldo;諸省唯仰太政官指令，太政官批示使之施行。凡文書之上奏者，皆經太政官……&rdo;
不過，為了防止日後的帝國議會難以染指軍事大權，統帥權獨立是不是會對帝國產生致命的危害，也就顧不得那麼多了。1889年2月11日，明治天皇舉行大典，頒布憲法。明治憲法規定，&ldo;天皇統帥陸海軍&rdo;。為什麼要這麼規定呢？照伊藤博文的解釋，這條規
