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前情提示，不看劇透去玩遊戲的話，會給你不一樣震撼感，從劇情上來講，不亞於黑魂的黑暗…
尼爾機械紀元中埃米爾笑的越開心，越欠打，玩了尼爾複製人的，就會越難受…
時間一下就過去了幾千年…
這期間也發生了一件大事，就是一位管理複製人的安卓帶著四位複製人單挑了最後的軍團boss紅眼，收集了所有的魔素後發到了異空間，到了龍背上的騎兵，零所在的世界，成了零眼裡的滅世之花，死迴圈開始了
前面說過了，人類創造了複製人來收集魔素，人類本身則格式塔化來躲避這種危機，由尼爾提供的魔素，來維持人類靈魂的穩定。
十三對安卓系統管理著複製人，這個安卓系統就是複製人波波拉和狄波拉，也就是尼爾機械紀元裡出現的紅髮雙子姐妹。但是她們不是照顧尼爾的那一對，她們是另外十二對裡的一對。
複製人無法生育，每次複製人死後，世界淨化機關就會提取人類（格式塔化後的人類）的魔素，製作新的複製人，投入戰場。
在漫長的死亡與投入的過程中，複製人誕生了自我的意識，並且在很短的時間內成長，他們開始以人類自居，而波波拉與狄波拉，成為了照顧他們的村長，這是悲劇的開始…
複製人尼爾也有一個妹妹，巧合的是複製人妹妹身體也不好，最要命的是，真人的靈魂崩壞的話，複製人的身體也跟著會患上黑紋病，就是那個天使死後把全世界逼上絕路的病。
前面說過，真妹妹早就出現了崩壞，世界淨化機關為了全人類能獲得尼爾穩定的魔素供給欺騙尼爾，等到魔素被收集了發到另一個世界，等到人類迴歸到複製人的身體裡，就會救她。
真尼爾同意了，並且當了一個血包，一下當了幾千年…
但是後來出了問題，尼爾的妹妹崩壞加劇了（記得是），而且他的魔素供給也出了問題，獲得他魔素的人類本來可以維持靈魂穩定的，但是在尼爾故事發生的時間點裡崩壞了，也就是說，這個血包的血過了保質期了，沒用了…
真尼爾害怕妹妹會變成崩壞體，所以擅自行動了…
他搶了複製體尼爾的妹妹，打算讓自己的妹妹，進入到複製體的身體裡…
尼爾複製者的劇情由此展開，尼爾為了救妹妹，踏上了討伐魔王的道路。
崩壞的人類靈魂被稱作是惡魔，被以人類自居的尼爾殺死了，那些沒有崩壞的人類靈魂…
也被尼爾殺死了…
這裡說一句，這個時候就已經有智械了，智械很多是在保護人類的，不過被尼爾當做惡魔的爪牙，一起殺死了…
在旅途中尼爾遇到了凱尼…（不講她的故事了，和本書無多大關係，但…也是很悲劇的…很多人很喜歡這個萌妹的…）
以及，可能是此時最後的人類，實驗兵器七號，埃米爾…
埃米爾加入了打魔王的小隊。
埃米爾是一個很可愛很善良的小男孩，甚至善良的不正常，哈魯阿特別照顧他，為了保護他而暴走，摧毀實驗室，但最後埃米爾把她石化了…
本書出現的埃米爾不是正體，所以是女孩子，也很壞，行，滿足你（笑）
至於為什麼不是正體，以後會講。
複製體尼爾手裡握著白之書，但白之書失憶了，忘記自己應該與黑之書合體，讓所有人類迴歸到複製體身體裡的事。
它與尼爾在冒險中又產生了羈絆，記起自己責任的時候，選擇了拒絕與黑之書合體，因為那樣的話，複製體尼爾的人格就會消失，複製體尼爾，就會消失。
複製體尼爾帶著自己的小隊成員一路殺到了魔王的面前，被啵啵啦和狄波拉擋住，雙子姐妹把實情告訴了複製體尼爾，在絕
