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從新生入校至畢業的軍校生活，南京本校成立初為兩年學制，採取日式教育。1930年以後，將學制改為3年制，採取德式教育。入伍生教學是本校學生的第一道門檻，考生被軍校錄取後，規定要進行分為4個階段、為期1年的入伍生教育：第1階段，新兵教育4個月；第2階段，上等兵教育2個月；第3階段，下士教育兩個半月；第4階段，分發各師實習3個月。入伍生學業期滿後，要透過考試才能升學。考試包括筆試、野外學習和閱兵分列式，成績合格者，才可以升入本學期學生總隊，編入各專業隊繼續學習深造。成績不合格者，或留下期入伍生團再學習，或被淘汰。對能升學的人，按其特長編隊，然後進入下一年學習，成為軍校正式學生。學期為兩年，第一年進行各兵科基本軍士教育，第二年為各兵科專門教育。學業的最後階段，要舉行諸兵種聯合演習。第9期學生的聯合演習比較有代表性，參加演習的所有軍人編成東、西兩軍，東軍由學生總隊組成，本校教導總隊編為西軍。總隊軍官隨軍負責監視、審判和管理。為了烘托戰場氣氛，又避免出現不必要的傷亡，演習部隊規定，步槍每支每日裝備20發空炮彈，每門山炮每日裝備30發空炮彈，每挺機槍配備5000枚鞭炮，每100枚作1串。西軍一律佩戴紅帽箍、紅臂章，東軍則不佩戴。演習地點選擇在江蘇省句容地區。嚴格規定演習中不準捕獲，不得喬裝潛入，不得破壞建築及農作物，不得僱用民夫等。演習共進行了6天。
1933年6月，南京本校又恢復校長制，並在校長以下設校務委員會。蔣介石為校長兼委員，其他委員較原人選略有增加。軍校自第8期開始，又增設高等教育班、軍官補習班、軍官訓練班，並受委託代訓空軍、海軍、軍需、軍醫、兵工、測量、獸醫等入伍生，後又成立空軍營。1937年春，張治中辭去教育長職。5月，由陳繼承繼任。這時的南京本校，已有相當大的規模。12月，日軍佔領南京前夕，軍校輾轉進川，校本部遷到成都。黃埔軍校在南京時期隨告結束。
黃埔軍校在南京時期的各期學生入學、畢業簡況如下：
第5期：繫於1926年3月將原已編入第4期而沒有升學的入伍生組成，在廣州黃埔本校入學，4月開學。本批學生最初為第5期入伍生第1團。7月，又成立第2團，此批入伍生炮兵團、工兵營、迫擊炮連，曾隨師北伐，戰績卓著。留守學生，擔任本校護衛任務。11月升學，所分科目同第4期。本期全部學生於1927年7月20日轉至南京學習，8月15日舉行畢業典禮（第3、第4、第5隊學生時在武漢執行警戒任務，在武漢舉行畢業典禮。在南京本校第1、第2、第6隊畢業生計1480人於南京舉行畢業典禮）。本期共計2418人畢業。
第6期：本期學生分為廣州黃埔和南京兩地學習。本期也是軍校在南京時期招收的首批學生，於1928年3月舉行開學典禮。4月13日，由杭州中轉的廣州黃埔本校第6期學生1026人到達南京，與在校考取生和長沙分校、武漢分校、學兵團、福建陸軍幹部學校學生合併，共計2269人。除長沙分校學生編為步兵第3大隊外，其餘混編為步兵第1大隊、步兵第2大隊、炮兵大隊、工兵大隊。暑假後，步兵第3大隊畢業離校，又將陸
續來南京的黃埔本校學生和校宣傳隊編入南京本校。同時，第14、第44
1929年5月，頒發給黃埔六期生劉放吾的畢業證書。
軍軍官講習所學生也併入南京本校，編為步兵第4大隊。其他學校的交通技術學生併入南京本校後編為交通大隊。第26軍軍官團併入南京本校後，編為輜重區隊，屬炮兵大隊。南京本校本期學生於1929年5月15日期滿畢業，共計3534人。在黃埔軍校史上稱為第6期第1總隊，以此
