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登基後，立即冊封鄭芝龍、鄭鴻逵為侯，並賜予鄭芝豹澄濟伯的爵位。
此外，由於隆武帝尚無子嗣，對鄭芝龍長子鄭森的才華十分欣賞，特賜國姓朱，改名為朱成功，任命他統領禁軍。儘管隆武帝沒有合適的女兒可供出嫁，但仍按照駙馬的標準對待朱成功，加封其為忠孝伯。
然而，此後兩人之間便爆發了激烈的衝突。
首先是文武大臣間的衝突。
自古以來，天下的人才出路，無非就是文武兩條路。可這文武往往互相看不順眼。文人覺得武人沒文化，有理跟他們講不清楚，武人又覺得文人沒啥用，不識時務。所以沒事的時候就互相譏諷，有事的時候就互相傾軋。
談到隆武朝時期的“文武之爭”，就不能不提到大學士黃道周和戶部尚書何楷在朝堂上公然對抗鄭氏家族的英勇事蹟。
黃道周乃是明末著名的大儒，他以卓越的文章和高尚的氣節而聞名於世，成為了東林復社人士推崇備至的楷模。他曾經在弘光朝擔任過短暫的禮部尚書職位，但在隆武朝卻被任命為內閣大學士。
戶部尚書何楷同樣來自福建漳浦，與黃道周同鄉。在崇禎十一年，他們二人攜手修撰劉同升、御史林蘭友以及編修趙士春，共同三次上疏彈劾楊嗣昌，展現出剛正不阿的錚臣風範，贏得了全國上下的讚譽，當時人們稱他們為“長安五諫”（此處長安代指北京）。
兩人與鄭芝龍、鄭鴻逵爭鬥的過程如下：
皇上設宴款待大臣，鄭芝龍以侯爵之位排在宰相之上，首輔黃道周說道：“按照祖制，武官不能排在文官右邊。”兩人為此爭論不休，最後還是黃道周佔了上風，鄭芝龍則悶悶不樂。
鄭芝龍和鄭鴻逵仗著自己有擁立隆武的功勞，提拔自己人，比如吏科給事中朱作楫、戶部主事葉正發，都是他們的門人。後來，皇上不完全聽從他們的意見，他們就心懷怨恨。等到在南臺舉行郊天大典時，他們都稱病不去。戶部尚書何楷彈劾他們，說：“朝廷的重大典禮，沒有比郊天大典更重要的了，而兩位勳臣不出席陪祭，這是沒有臣子的禮節！”
不久之後，鄭鴻逵在殿上揮動扇子，何楷呵斥他，鄭芝龍和鄭鴻逵更加憤怒。
而讓隆武和鄭芝龍的衝突變得超級激烈的，竟然是因為戰守問題大吵了一架。
七月初，隆武帝就下詔書說要親自出徵：“朕今痛念祖陵，痛惜百姓。狂彝汙我宗廟，害我子民，淫掠剃頭，如在水火。朕今誅清使、旌忠臣外，誓擇於八月十八日午時，朕親統御營中軍平彝侯鄭芝龍、御營左先鋒定清侯鄭鴻逵，統率六師，御駕親征。”（“朕現在特別想念祖宗的陵墓，也特別心疼老百姓。那些野蠻的傢伙把我們的宗廟都弄髒了，還殘害我們的子民，到處淫掠，逼人剃頭，簡直就是把大家往火坑裡推啊。朕現在要殺掉清朝的使者，表彰忠臣，發誓要在八月十八日午時，親自率領御營中軍平彝侯鄭芝龍、御營左先鋒定清侯鄭鴻逵，統領六路大軍，御駕親征。）
從朱聿鍵的這道詔書來看，隆武朝的軍事支柱肯定就是鄭芝龍本人啦，而他手下的軍隊呢，則是由御營御左先鋒鄭鴻逵和營御右先鋒永勝伯鄭彩兩個人來管理。朱聿鍵盼著鄭家能“全體出動”，全心全意給皇室盡忠，為恢復大明使出全力。
但鄭芝龍並不這麼認為，因此，攻打南京的計劃並沒有像朱聿鍵想象的那樣順利。首先，鄭鴻逵遲遲不肯行動，並假裝生病不出來，直到10月才帶領軍隊前往仙霞嶺。同月，撫州也發出緊急警報，於是只能命令鄭彩從杉關出發前往撫州，分兵一路進攻南昌，另一路支援饒州。
北上的戰略戰術不一致，這成為鄭芝龍與朱聿鍵公開決裂的標誌。隨後，朱聿鍵為了擺脫\"束縛\"，搬到閩北地區，甚至考慮\"向西走\"，將都城
