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戰爭造成平民死傷的原因有很多，其中，最為主要的一種就是人們所熟知的——屠城，而其中又以清初的屠城事件最為著名。
公元1645年5月(南明弘光元年四月)，豫親王多鐸指揮的清軍主力，圍困南明督師史可法所守衛的揚州城。四月十五日，清軍圍困揚州。史可法正在揚州督師，固守孤城，急命各鎮赴援，但各鎮抗令拒不發兵。清軍趁機誘降，史可法嚴詞拒絕。清軍主帥、豫王多鐸先後五次致書，史可法都不回應。二十四日，多鐸命令清軍不惜代價攻取揚州城的西北角。清軍在進攻的鼓聲和炮聲中蜂擁而上，每當一名清兵倒在箭下，另一個便補了上來。很快，屍體越堆越高，一些清兵甚至不需要梯子就能爬上城牆。清軍攻城後，史可法率軍民浴血而戰，但是隨著清兵越上越多，守城的南明將士也開始慌亂起來。紛紛跳下城牆逃跑，這些人有的被摔死在城牆下，有的則在之後的巷戰之中，死於亂軍之中。經過七天七夜的激戰，揚州城被清軍攻陷，軍民逐巷奮戰，大部分壯烈犧牲。史可法自殺未遂，被清軍俘虜，多鐸勸他歸降，史可法說:“我堂堂男兒，安肯苟活!城存我存，城亡我亡!我頭可斷而志不可屈!”遂英勇就義。
揚州的城防崩潰後，揚州城居民只有聽天由命了。儘管當時大雨傾盆，但是一些居民忙著燒香，期望能透過這種主動的討好，保住性命。與此同時他們開始大量地隱藏金銀財寶。但是，這座古老的揚州城在腥風血雨中陷落之後，再次面臨更大的劫難。城陷不久，清軍統帥多鐸便以不聽招降為名，下令屠城。一時間幾世繁華的煙花古巷變成了血流成河的屠宰場。
一滿兵提刀在前引導，一滿兵橫槊在後驅逐，一滿兵居中在隊伍的左右看管以防逃逸。三滿兵驅趕數十人如驅如犬羊，走路稍有有慢的，就開始打，或立即殺掉。婦女們還被用長繩索系在脖子上，女人們由於小腳難行，不斷跌倒，遍身泥土，一步一蹶。此時街上但見滿地都是被棄的嬰兒，或遭馬蹄踐踏，或被人足所踩，肝腦塗地，路過一溝一池，只見裡面堆屍貯積，手足相枕，血流入水中，化為五顏六色，池塘都被屍體填平了……街中屍體橫陳，互相枕藉，天色昏暗無法分辨死者是誰。在屍體堆中俯身呼叫，漠漠無人聲應答。
到5月25日，即濫殺和搶劫的第6天，這場大屠殺方才結束。清軍接到豫親王的命令，就此封刀。和尚們得到命令開始收集和焚燒屍體。到5月27日，開始賑濟口糧。根據焚屍簿的記載，在這次大屠殺中死難的人共有80餘萬人，其中還不包括落井投河，閉戶自焚及在偏僻處自縊的人。
慘絕人寰的屠城使得幾世繁華的揚州城在瞬間化作廢墟之地，江南名鎮一夜之間成了人間地獄，後人稱之為“揚州十日”。
提到“嘉定三屠”，還需從“剃髮令”說起。對於讓漢人剃頭從滿制，清王朝本是相當謹慎的。弘光朝投降，豫親王多鐸進入南京之後，曾有這樣的公告:
剃頭一事，本朝相沿成俗。今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民，爾等毋得不道法度，自行剃之。前有無恥官先剃求見，本國已經唾罵。特示。
剃髮對當時的漢人而言，心理上是難以承受的。“身體髮膚受之父母，不可損傷”，這是千年以來形成的倫理觀，也是一種根深蒂固的思維方式。剃髮不僅有違傳統，也被視為一種侮辱。因此這項政策不僅遭到了傳統知識分子的抵制，也激怒了下層民眾。於是，本已逐漸平靜的江南又騷動起來了。乙酉年六月二十四日，各地相繼騷亂，地方官和民眾紛紛揭竿而起，嘉定總兵官吳志葵響應，逐走清政府派來的縣令，佔據了城市。當時，李成棟正在追剿佔據崇明的明軍殘餘勢力，聞訊從吳淞回兵鎮壓，嘉定第一屠開始。
七月初一，兩軍會戰，當地的“鄉軍”雖集合了十幾萬人，
