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皇太極掌權之後，國策就是打進山海關，跟明朝逐鹿天下，但是在遼西屢屢受挫，不得不找別的出路，於是將目光投向了漠南蒙古，如果統一了漠南蒙古，那就可以借道向大明進攻。要說蒙古啊和女真其實他們的生活的地方的界限並不是明顯，所以就爭鬥不斷，但是之前都是蒙古佔上風，到了後金努爾哈赤的時候這個強弱倒過來了，後金比蒙古強大了了，其中還有個小插曲，當時努爾哈赤給蒙古的察哈爾的林丹汗寫信，這個林丹汗還牛哄哄的給努爾哈赤回信說統領四十萬眾的蒙古大汗問統領六萬之眾的女真主安，努爾哈赤看著這封信是勃然大怒說，你個臭不要臉的，我雖然六萬但是我把明朝打得是丟盔棄甲，你統領四十萬眾，你讓人家打的那個鳥樣，咱倆要不比劃比劃。看我不踏平了你的部落。兩人就開始罵，但是隨著女真的實力越來越強，於是從防守改成了進攻。以前總是蒙古佔上風，現在是女真佔上風了。
皇太極知道要想征服蒙古，必須先打敗察哈爾林丹汗。但是蒙古不是林丹汗一個部落，所以皇太極對其他的部落是或拉攏，或聯姻，或征服，或勸誘，瓦解林丹汗控制的蒙古各部。皇太極也把他老爹的聯姻的能力發揮的是淋漓盡致，他的五大正妃三個都是出自蒙古的科爾沁蒙古，一個是他的原配孝端文皇后哲哲，還有宸妃海蘭珠，在一個就是我們比較熟悉的清朝開國的女政治家孝莊文皇后布木布泰，其中海蘭珠和孝莊還是哲哲的侄女，也就是說姑侄三個都嫁給了皇太極。咱也不知道當時這是什麼輩分，可能是當時不講這個吧。
掃清了皇太極精心佈置的其他部落的問題，這個林丹汗也是不知道天高地厚的主，因為他是成吉思汗黃金家族的後代，為了統一蒙古想學習他的祖先成吉思汗，他得罪了不少的蒙古王公貴族，於是外圍的部落，紛紛投向了後金的懷抱，皇太極一看時機成熟了，1628年皇太極兩次征討林丹汗，打得林丹汗是丟盔棄甲，狼狽不堪，林丹汗是邊跑邊扔，皇太極跟著屁股後面一路是邊追邊撿，軍力又擴充了不少，這才叫以戰養戰。1636年的夏天，最後林丹汗由於每日縱情享樂再加上讓皇太極打得也是比較鬱悶於是在甘肅隔壁的大草灘上去世了。
皇太極這時候派多爾袞去征討林丹汗的繼位者額哲，最後多爾袞兵不血刃，額哲投降了後金，說向後金稱臣，皇太極還娶了額哲的老媽，就是囊囊福晉，林丹汗其他的女人還被皇太極分給了他的兒子們，聽說豪格就分了一個，你說這是什麼輩分，兒子和爹娶了平輩的人，但是當時的後金不講這個無所謂，這還不是最重要的，額哲一看我遵照你為大汗，不但繼承了我爸的地盤還繼承了我媽，得了，我把我爸的玉璽也獻給你吧。
要說這個玉璽那可是大有來頭的，是元朝皇室逃跑的時候丟了的，基本上無論哪個朝代哪個帝王獲得了傳國玉璽那可以宣佈這就是當時的順應天命的真龍太子，無論是誰都得進行朝拜，歷史把這個機遇給了皇太極。
這樣漠南蒙古統一了，從此和滿洲連為了一體，他成了蒙古合法的統治者。接著皇太極將八旗的文化推行到到了蒙古地區，結合蒙古傳統的聯盟的組織形式，創立了盟旗制。比如漠南蒙古49旗6盟。旗是軍政合一的行政規劃，以蒙古貴族為札薩克，劃定各個旗的遊牧的邊界，不能隨意越界，違者嚴懲不貸，聽說一般的懲罰就是斬首。後面中央設立了理藩院，統一管理蒙古各部。
從此，蒙古高原結束了元朝亡國之後長期混亂分裂的局面，進入了安定的時期。從此，蒙古被納入了後金的版圖，成為了後金政權的一部分。1636年49個貝勒一起來到了盛京，共同擁戴皇太極繼承蒙古可汗大統，皇太極用懾之以兵，懷之以德的策略給解決了，從這點就能看出來，能繼承努爾哈赤的只有是皇太極，他老爹當年是順者以德服，逆者以兵臨，其
