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儘管入侵和攻佔異國的殘酷現實不容置疑，但是拿破崙卻為後代做出了法國人在落後的法老王領地執行&ldo;文明使命&rdo;的先例。拿破崙帶來了現代的機器，他研究埃及的人文地質。1799年，布沙爾上校發現了&ldo;羅塞塔石碑&rdo;1，藝術家德農在底比斯、盧克蘇爾和卡納卡發現了大量古代神廟的遺址（包括法國軍隊後來帶回法國置於杜伊勒裡宮花園裡的方尖塔）。但是，也許拿破崙最偉大的創舉就在於他建立了埃及科學院，他將其視為傳播文明的最有力的手段。
埃及科學院建立於1798年8月22日，此舉在督政府和法國人民的眼裡，在歷史上以及在埃及人的印象中都被認為是一件好事。但它的意義遠不止於此，這得益於蒙日、貝託萊和他們的同事們的積極參與。特別是蒙日，他現在每天都在開羅與拿破崙見面，得以逐漸影響拿破崙，使其認識到以知識分子而不是政客作為組建政府以及政府執政方向的指導力量的重要性。拿破崙一貫喜歡視自己為&ldo;公僕&rdo;‐‐當然是有學問的公僕（他甚至在發布軍事命令時常常簽上&ldo;科學院院士&rdo;的字樣），他在業餘時間通常和考古學家、歷史學家和科學家在一起，而不是和粗魯計程車兵在一起。這些科學家的非凡創造力使法軍不必依賴歐洲本土的後方，而在埃及自給自足地生存下去。
嚴格說來，科學院有3大目的：一是在埃及傳播知識和技術；二是研究埃及的博物學歷史、工業和人文歷史；三是&ldo;為政府出謀獻策&rdo;‐‐最後一項實際上是其主要的功能，它是埃及第一個完全有組織的科學智囊團。
第九章 失敗的陰影(3)
科學院分成4個部門：數學部（包括蒙日和拿破崙）、物理和政治經濟部（包括解救過約瑟芬的前督政塔里昂）和文學藝術部（包括德農，未來的羅浮宮藝術館館長）。拿破崙還親自在缺乏人才的埃及從自己的軍官和士兵中選拔合格的科學院成員。
科學院院址設在被沒收的馬穆魯克宮廷，離厄爾費宮僅數英里路程。蒙日、貝託萊和其他院士就居住在這兩個宮廷裡面。同時，在那裡還有植物學、物理學和化學實驗室、科學資料和埃及古玩以及拉丁文、希臘文和阿拉伯文的圖書館。
科學院於8月23日在院長蒙日的主持下舉行了成立儀式，但其實際的院長無疑是副院長拿破崙。拿破崙給科學院的第一個課題是立即為法國軍隊改良麵包烤爐，以提高效率和生產量；研究啤酒花的可能的替代品，以便為軍隊提供啤酒；用最好的辦法淨化取自尼羅河的飲水以及適於埃及使用的風磨和水磨；建立鑄造廠和制硝廠以生產機器、工具和火藥。此外科學院還研究適用於埃及的民事和刑事司法制度和教育制度。拿破崙每週都要親臨科學院數次，能擺脫司令部來到這裡，他總是很高興。
科學院的設立為幫助拿破崙解決軍隊面臨的各種技術難題起到了不可估量的作用，同時，確立了蒙日在他心目中的無可辯駁的地位。蒙日作為政治行政委員會的高階成員控制著埃及大部分的&ldo;本地&rdo;行政手段；現在，他又主持著在這個國家進行的一切科學研究工作。
回過頭來說，在阿布基爾海戰失敗後不久，8月15日，拿破崙的29歲生日聚會很少有喜慶的氣氛；甚至他的9名副官以及他的養子歐仁&iddot;博阿爾內和愁眉苦臉的弟弟路易&iddot;波拿巴也只是敷衍了事地對他道了一句生日快樂而已。海軍失敗的陰影似乎籠罩了一切。拿破崙的遠徵軍在中東的形勢發生了急劇的變化，埃及被地中海上強大的英國海軍封鎖，迫使拿破崙放棄了他原來制定的進攻印度的計劃。
拿破崙曾經想過，在攻佔了馬
