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這些流血事件也使拿破崙比任何時候都更加迫不及待地想要獲取更高的地位和指揮權。為此，他邁著沉重的步伐來到革命廣場（place de la revotion）求見新任的海軍大臣加斯帕&iddot;蒙日，要求得到法國海軍炮兵中校的職務。由於時值多事之秋，原本樂於助人的蒙日沒有答應他的請求。經過長期擅離職守最後終於回到瓦朗斯第一炮兵團之後，拿破崙上尉再次立即申請告假，理由是小妹妹埃莉薩所在的聖克瑞寄宿學校因革命而關閉，他必須護送她回科西嘉。
雖然拿破崙過去數年經常告假，他的請求還是被獲準了。1792年10月5日，他帶著埃莉薩乘船回科西嘉，絕對沒有想到這是他最後一次作為一個熱忱的愛國者返鄉了。雖說他過去與保利多有不和，他還是恢復了科西嘉國民自衛軍的中校職務，並在保利的命令下，當上了中將。在法國成功地攻佔了薩瓦和尼斯之後，拿破崙參加了徵討薩丁王國的馬達萊納群島的戰役。
1793年2月23日出海的這支科西嘉小艦隊輕而易舉地攻下了馬達萊納群島附近的小島聖斯特法諾，打亂了薩丁的防禦部署，正要擴大戰果時，這支遠徵軍的指揮官突然膽怯起來，命令拿破崙停止進攻、登船返回科西嘉。這就是拿破崙第一次作戰。
與此同時，在土倫，18歲的親法分子呂西安&iddot;波拿巴正在醞釀著一次更大的慘敗。他在土倫的雅各賓俱樂部告發保利是打算將科西嘉拱手讓給英國人的&ldo;叛徒&rdo;。 雅各賓黨人聽信了這個充滿惡意的告發並將密報送交到巴黎國民公會，國民公會將這個年輕科西嘉人的告發抖落出來。國民公會威嚴的大樓裡一片喧譁，接著投票表決立即逮捕保利總督及他在公會的代表以及波佐&iddot;迪博爾戈。雖然；巴黎派出了軍隊到科西嘉執行這項命令，全島還是掀起了反對&ldo;叛逆的波拿巴&rdo;的運動，民眾包圍襲擊了阿雅克肖的拿破崙宅第。
至於拿破崙，剛剛從薩丁島的鬧劇中返回，當得知他不在時所發生的事後，立即寫信給國民公會要求收回逮捕令。但已為時過晚，現在甚至連阿雅克肖的雅各賓俱樂部也在反對拿破崙了。這正是保利長期等待的機會，他宣佈科西嘉與法國徹底決裂。拿破崙寫信相勸無效。&ldo;渣滓！&rdo;保利怒不可遏地咒罵呂西安。毫無疑問，他對拿破崙的咒罵更加兇狠。
阿雅克肖對於拿破崙不再是安全的地方了。他不得不四處躲藏，先是躲進山洞，然後又躲到堂兄家和朋友家。科西嘉警方到處捉拿他。5月，公會特派員帶法國軍隊來到阿雅克肖，恢復了島上的秩序，重申了巴黎的判決，他們也遭到了頑強的抵抗。波佐&iddot;迪博爾戈猛烈抨擊拿破崙，科西嘉地方議會指責巴黎、指控拿破崙一家&ldo;永遠受到詛咒和唾棄&rdo;。
備受驚嚇的萊蒂齊亞帶著孩子們在半夜逃出家門，1792年6月3日，拿破崙、母親和兄弟一起逃亡到喀爾維，躲在朋友家。公會特派員也不得不逃離阿雅克肖以免遭到不測，而此時的巴黎正在起草另一份宣判&ldo;叛徒強盜保利&rdo;等人的判決書。
1793年6月5日，伸手不見五指的夜晚，拿破崙全家乘船逃往土倫。拿破崙和舅舅費舍買下的新住宅和田地，連同他母親的住宅、財產、葡萄園均被他的鄰居洗劫一空。他們離開科西嘉時，毫不誇張地說只剩下身上的襯衣了。他們喪失了全部財產，現在只有指靠拿破崙的中尉年薪維持母親和6個孩子的生活了。而這一切都是軟弱無能而性情急躁的呂西安一手闖下的大禍，可他卻仍然視自己是個了不起的英雄呢！這一家人從此不再回科西嘉了。此時，法國在馬克西姆&iddot;羅伯斯庇爾及其救國委員會的影響下愈來愈走向動亂和
