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國的伊莉雅留了下來，同時告訴了士郎一些秘聞，比如在柳洞寺有靈脈，在那裡可以召喚聖盃出來。而遠坂凜更是發現，自己的妹妹間桐櫻竟然被間桐家的人利用，製造成了偽聖盃。
兩人為了營救間桐櫻一起奇襲了間桐家，將無辜的少女拯救出來之後，遠坂凜安心地陪自己的妹妹，而衛宮士郎則去往柳洞寺。
之後的發展更是出人意料，柳洞寺之中竟然還有兩名Servant，其中的Caster竟然依靠吞噬人類的靈魂來積攢魔力。
他和saber一起攻向柳洞寺的時候，卻遭遇了一名不曾見到過的，對方大言不慚地表示要娶saber為妻，還使用了非常多的寶具殺死了Caster。
saber拒絕了他，那個金色的便微笑著重傷了saber，就連自己也險些身死當場。好在就在那時候，衛宮士郎發現了自己的身體裡還有一樣奇怪的東西，散發著金色溫暖光芒的東西取出來之後交給了saber，他們身上的傷口竟然都恢復了過來。那竟然是saber的另一樣寶具，阿瓦隆。
依靠著阿瓦隆的力量，即使面對著號稱可以摧毀一個世界的ea的攻擊，他們也依然擊敗了吉爾伽美什，也是在那個時候，他們認識到聖盃已經被汙染了，不可能再實現任何人的願望。
已經將執念放下了的saber揮舞著excalibur將聖盃摧毀之後，帶著無法和士郎一起生活下去的遺憾回到了過去。而在短短的七天時間裡經歷了那麼多的衛宮士郎則堅定了自己一定要成為正義的夥伴的信念。
在讀完大學之後，他跑到戰亂之地先是做了戰地記者，之後慢慢地變成行走在戰場上計程車兵，最後更是因為其強大的個人實力成為了一個優秀的戰場教官。
在中東的某個地方發生了核洩漏之後，衛宮士郎為了阻止核汙染的擴散，穿著完全無法防禦核輻射的防護服衝進了裡面。即使有著他強化魔術的加持，防護服也已經完全破損，而他的身體差不多也要崩潰了，可是即使到了將死之時，他也沒有放棄想要拯救別人的願望。
於是他聽到了一個聲音，問他要不要和那個聲音簽訂契約，成為人類的守護者。
衛宮士郎毫不猶豫地就答應了，然後他奇蹟般地從那個核洩漏的地方出來了，還關上了核設施，成為了當地的英雄。
只不過似乎因為契約的關係，他的頭髮完全地變成了白色，面板也永久性地變成了褐色。他不知不覺之中似乎走上了和自己父親一樣的道路，以殺人來救人。途中他遇到了一個奇妙的魔術師，對方送給了他一身紅色的聖骸布做的衣服。
最後的最後，他為了救人而殺死了非常多的人，被自己教導過的學生送上了絞刑架。在臨死前，他忽然覺得，如果自己不要許下這樣的願望該多好。
死後的他變成了英靈，成為世界兩大抑制力之一阿賴耶這邊的人類守護者，可是他的工作卻永遠都是殺死其他人，然而為了救多數人，卻不得不殺害少數人的這種行為，實際上早已違背了他“救助一切生命”的初衷。發覺使自己陷入困境的是那不成熟的正義理想後，他終於遷怒起了過去的自己。
如果親手殺掉過去的自己的話，那未來的archer也不會誕生，因此出於這個想法，他接受了不成熟的遠坂凜的召喚，從未來回到了過去。
衛宮士郎猛地睜開眼睛，他的眼前三個人的腦袋正擔心地看著他。
“喂，衛宮，你不要緊吧？你的眼神看起來有點可怕啊。”遠坂凜擔心地問道。
“士郎，你沒事吧？”藤村大河奇怪地問道，“該不會是摔傻了吧？”
“Master，真的是對不起。”為了自己居然看著自己的Master在自己的眼前出事而自責不已的saber也連
