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李世民“你我一南一北，戡平大江大河”的心意，李藥師原本清楚。
是以他此番綜論，對北地群雄只略敘形勢，對南方蕭銑則進陳戰略。
此時李世民豪情既現，李藥師也不禁慷慨軒昂，揚眉而道：“待得彼時，天清地寧，盼隨公子富國家、強社稷、興教化、安百姓，以逞平生之願！”
他二人四掌緊緊相握，眼神忱忱熾熾地對視。
良久，李藥師方才說道：“蕭銑部眾之事，或以賄、或以間，均可徐緩圖之。
眼前另有一事，則是迫在眉睫。如今山南以至巴蜀，尚未落入蕭銑掌握，我軍實宜儘速招安。”
李世民點頭道：“正合我意！”
次日李世民即向李淵建議，迅速取下山南巴蜀。
他知道父親極不願意聽到李藥師這名字，更不可能給他建功的機會，因此並沒有稟明這是兩人商議的結果。
當時李淵恰好得到薛舉進攻扶風的軍情，便命李世民率兵擊討，另遣李孝恭招慰山南。
李孝恭的曾祖父李虎是李淵的祖父、李世民的曾祖父，因此他是李淵的堂侄、李世民的族兄。
數年之後唐軍戡平長江流域，李藥師雖為行軍總管，名義上卻在趙郡王李孝恭麾下。
不過此時，李孝恭仍是趙郡公，尚未得封郡王。“山南”則指終南山以南。
中國所謂北方、南方，在自然地理上以秦嶺、淮河界分。秦嶺山脈中段位於關中的南方，自古即稱南山、中南山、終南山。
此時李淵認為，李孝恭足以戡平山南。至於河西，當時大隋的扶風太守竇璡是李淵已故夫人竇氏的族弟，早已有意投附唐軍，李淵心裡也早已將其地歸入囊中。
如今薛舉進攻扶風，竇璡軍情吃緊，李淵急命李世民擊討。李藥師原本就在李世民軍幕中，因此他隨李世民西出，李淵便沒有表示意見。
薛舉原是金城校尉。
金城即今日的蘭州，李唐皇室自稱先世出身隴西狄道，其地即在金城治下。大業末年隴西百姓飢餒，群盜蜂起，金城太守命薛舉討捕。
薛舉卻劫持太守，開倉賑濟災民。在荒蕪饑饉的時代，有糧餉就有兵馬。
於是薛舉自稱西秦霸王，掠官收馬，招叢集盜，一時投效者頗眾。
薛舉先擊潰河州的隋軍，又得羌族首領率岷山兵眾歸降；繼而攻下鄯州、廓州，盡有隴西之地。隨後命長子薛仁杲向東進兵秦州、次子薛仁越向南進兵河池。
當時大隋的河池太守蕭瑀，不但是隋煬帝蕭皇后的幼弟，也是李淵的舊識。
他率兵拒敵，力阻薛仁越。然秦州很快便遭薛仁杲攻下，使得蕭瑀面對薛仁越，情況更加危殆。
此時恰逢李淵進入長安。
對薛舉來說，長安才是重中之重，於是按下河池攻勢，率部眾由秦州向東，進攻扶風。李世民、李藥師都是不世出的軍事奇才，不過短短十天，便將薛舉擊退
。蕭瑀得到訊息，即刻歸附唐軍，如此扶風、河池俱入李淵掌握。
同時在唐軍勢力的東端，劉文靜已計擒屈突通，解送長安之後歸降。加上李孝恭招慰山南也頗順利，唐軍一時大為振奮。
不過李世民卻明白，薛舉只是一時敗退，絕不會就此停止東進。
他與李藥師商議，李藥師說道：“薛舉殘暴，自難凝聚人心，不須我方分化。他據隴西之地，東面與我軍相抗，南面則有秦嶺。薛舉所轄盡是秦隴兵眾，無人通嫻水戰，所以不圖南進。西面則有武威李軌，他一向與薛舉不和，我軍不妨與之交通。北面又有朔方梁師都，他或與薛舉結盟，我軍卻須防範。”
李世民點頭同意：“李軌系出隴西，與我同為李氏，又同與薛舉相抗，
