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京城之內戰鬥打響的同時，京城內的戰鬥也全面展開。天策門發來的訊號之後，西軍的人馬立即向天策門方向發起進攻，但卻被劉銘傳的人馬阻擋不前。
而程學啟部卻趁虛拿下湘王府，將曾國一家老小盡數擒獲。與此同時，埋伏在城中的各處東軍先發制人，迅速的搶佔了西軍文官武將的府邸。
而從上海趕來的訓導師一個團則搶佔了江岸數處渡口，使得集結在北岸的數千西軍無法渡河。
曾紀澤在殺了湘王曾國荃後，取其人頭懸於天策門之外，並同時對外宣佈了湘王多般罪狀，以皇帝的命義下旨，只要西軍各部放棄抵抗，朝廷將概不追究，否則，但凡繼續參與抵抗者，將按照叛亂罪論處，誅滅九族。
西軍上下見曾國荃人頭落地，戰鬥之心立馬涼了半截，再得知朝廷恩威並施的旨意之下，除了少部分死忠的黨羽之外，大部人馬立時土崩瓦解，有的怕秋後算賬，逃出了京城，有的心驚膽戰，窩在家裡不敢出門。
其餘尚未抵京西軍，聽聞湘王死訊和朝廷旨意，同樣是一鬨而散，各將率兵自歸原地，一邊向朝廷上表以表忠心，一邊又看形勢而動。
在南京兵變後的第二天，紀澤已經全面控制了南京城，大批的東軍源源不斷的調入，以加強南京周圍的防務。同時，他再以皇帝的名義下旨，安撫城中的西系人馬。
三天之後，皇上下旨，宣佈太子監國，總理軍國大事，曾紀澤以監國名義下旨，將全國軍隊營一級以上軍官官銜提升一級。同時，將全國有爵位者提升一級，如李鴻章蘇州侯，卻被改封為閩國公，劉銘傳的伯爵被加封為了侯爵。
關鍵之處就在於，這樣大規模的官進爵不侷限於東軍，同樣也囊括了北軍與西軍，如此一來，無疑給這些惶惶不可終日的傢伙們打了一針安定。
江南數省緊繃的局勢，很快就平伏下去，各地的西系文武們都在慶祝自己加官進爵然忘記了對他們“恩重如山”的湘王則已命喪黃泉。
當然，也有不識務者，如江西的提督李保全，此人便公然樹起“勤王”大旗，佔據南昌城召天下兵馬入京為湘王報仇。
儘管響者寥寥無幾，但曾紀澤也不敢輕視，迅速的做出了應對。他勒令福建的陳慶國部迅速北上，三天之內兵臨南昌城下，打了李保全一個措手不及，幾個小時便攻下了南昌城殺李保全及其反眾四千餘人。
為了殺雞儆猴，曾紀澤授意陳慶國對南昌城進行了清洗，將叛眾軍屬及南昌地富戶近五萬餘人統統坑殺。在恩威並濟、軍事打擊與政治利誘的雙管齊下之下，反抗之聲很快便銷聲匿跡。
一個月之後當朝廷內外的形勢基本穩定之後，曾紀澤便利用他監國的權力始了全國範圍內的軍隊整編。
首先，他將全國軍隊縮減到三十萬人三十個師，其中二十六個步兵師、一個炮兵師、一個空軍師、一個海軍陸戰師，以及海軍兩萬人。
其中，西軍裁撤二十萬人，只留下九萬精壯，北軍基本裁撤殆盡，只留三萬人馬，東軍不縮反增，由原來的十萬增加到十八萬。
將大明分為五大軍區，其中北京軍區，駐紮六個步兵師，主要針對尚未統一的關外滿洲、外蒙古，以及蠢蠢欲動的沙俄。
成都軍區五個師，維護西部一帶的穩定，對新疆、西藏地區的少數民族貴族統治者形成威懾，併為下一步中央軍進入該地做準備。
廣州軍區四個師，負責西南數省、南中國海的防務，以及對越南形成軍事威懾，應對法國人對該地區的染指。福州軍區三個師，主要對臺灣左氏割據勢力形成威懾。
上海軍區四個師，因該地為大明關貿重鎮，是大明工業主要集中地，又是東海艦隊的大本營，外國勢力在此地影響巨大，故以四個師的兵力，保持明軍在上
