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一種觀點認為，傳教士的錢財是透過巫術也就是鍊金術獲得的。
利瑪竇是明朝在華傳教士中名氣最大的人，南昌是他成名的地方，他得到了分封在南昌的建安王、樂安王的賞識，並且與當地高層官員來往密切，成為眾人眼中的奇人。在利瑪竇寄自南昌的信中，他分析了自己獲得名氣的原因：第一，儘管他是從如此遙遠地方來的異國人，卻能正確地說、寫漢語；第二，他具有驚人的記憶力並諳記四書五經；第三，他在數學領域的知識；第四，他隨身攜帶的珍奇物品如自鳴鐘、三稜鏡等；第五，大家相信他是一個鍊金術士；最後是他布講的教義。其中，之所以被認為是鍊金術士，正是由於人們對傳教士資金來源不明的猜想。事實上，由於傳教士非常注意不讓人們知道他們的財務來源，因此很早便引起人們對他們金錢來源的關注，認為傳教士擅長鍊金術便是最常見的解釋。在當時社會上，有關傳教士擅長鍊金術的說法十分普及，這甚至成為一些人接近傳教士的直接動因，例如利瑪竇剛到中國不久，便有一個叫瞿太素的人跟隨利瑪竇學習了二年，而他所想學的正是鍊金術。民間傳言用死者頭上取下的眼睛就可以看到傳教士鍊金的秘密，也有人將傳教士蒐集新生棄兒以便在他們死前為其洗禮，解釋為傳教士用新生兒的眼睛從事鍊金術。
另一種觀點認為傳教士的經費是外國商人所提供。
萬曆三十九年(公元1611年)，傳教士王豐肅在南京建了一座新教堂，由於太過張揚，引起保守士大夫的不滿。萬曆四十四年，篤信佛教的南京禮部侍郎沈傕(音jue)連上三道奏疏，抨擊傳教士，掀起南京教案。在南京教案中，傳教士經費問題成為追究的重點。在對王豐肅及部分信徒的審訊中，得知傳教士的開支除修築教堂及日常費用外，還有買人僱人的費用，教會還給每個信教者三兩白銀。當時民間還傳言傳教士為鼓勵信徒傳教，還根據成績給予獎勵，&ldo;能勸百人從者，賞自鳴鐘、自鳴琴各一。若得青衿準十人，得一縉紳準百人&rdo;。雖然這些是審訊所得或民間流言，但其可信度還是很高的，天主教支付金錢以吸收人入教在其傳教史上是屢見不鮮的。如此巨大的資金是從何而來的呢？在第一次審訊中，王豐肅聲稱所有錢糧是由西洋國商船帶到廣東，每年約六百兩，如要蓋房就增至千兩。在第二次審訊中，王豐肅進一步明確了從西洋國送到澳門，再由澳門商人轉送傳教士的運送線路。
第三種觀點認為傳教士經費來自外國教徒的捐贈。
提出這一觀點的是徐光啟。徐光啟是明末天主教徒中最重要的人物，他提出這一觀點的目的是為傳教士辯護。儘管洋商提供與信徒捐贈都是來自國外，但卻有很大的差異。在當時反教計程車大夫看來，傳教士在中國的活動是有險惡用心的，具體來說就是要與澳門的洋商裡應外合，威脅中國內地。他們還列舉了葡萄牙人在呂宋、臺灣等地的活動以證明這種威脅的確實性。因此徐光啟要證明傳教士的費用與洋商並沒有直接的關係。但這一觀點僅在對傳教士比較友善計程車大夫中較為流行，而反教士大夫卻並不以為然。而且，事實上傳教士經費確實有相當部分來自澳門洋商。
利馬竇墓碑
明朝傳教士為了顯示自己傳教的真誠、純潔而在傳教之初不接受施捨，為避免他們認為的不必要麻煩而儘量使經費來源不為人所知，結果反而引發了當時人們對傳教士經費來源的諸多猜測，甚至成為人們反教的理由，這是傳教士們當初始料未及的。
技術百科《天工開物》書名之謎
明朝著名科學家宋應星所著的《天工開物》是一部關於中國古代農業和手工業生產技術的百科全書。其內容幾乎涉及當時全部的社會生產領域，內容廣博，文字簡潔，插圖生動，別具一格，堪稱我國古代不朽的
