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人駐守的城堡的企圖，無論是以甜言蜜語還是威脅都無法使他屈服於這一計劃。
即便年事已高，多里亞的精力依舊充沛。
1550年，84歲的他再次出海，對抗穆斯林艦隊。
儘管海雷丁·巴巴羅薩於1545年退役，熬走了一個強敵，但德拉古特和巴巴利亞海盜仍然構成威脅。
多里亞與門多薩一起攻佔了德拉古特剛剛征服並作為基地的馬赫迪亞，抓獲了德拉古特的侄子赫薩爾。
次年，多里亞又加強了駐軍，隨後追蹤並封鎖了德拉古特及其20艘艦艇于傑爾巴的一個海灣，但德拉古特巧妙地逃脫了，他挖了一條水道，將艦船拖過陸地。
失望之餘，多里亞對傑爾巴進行了劫掠。
1552年，一支由德拉古特指揮的100艘艦的奧斯曼艦隊在龐薩戰役中擊敗了多里亞指揮的40艘熱那亞艦隊。
隨著法蘭西與帝國之間再次爆發戰爭，法國入侵了當時由熱那亞聖喬治銀行管理的科西嘉島。
多里亞再次被召集，他在島上與法國人交戰了兩年（1553-1555），戰局起伏不定。
1555年，他正式返回熱那亞，因年事已高、身體虛弱，他將艦隊指揮權交給了他的曾侄孫喬瓦尼·安德烈亞·多里亞，後者是吉安內蒂諾·多里亞的兒子。
他組織了一次對特里波利的遠征，但結果比他曾經在阿爾及爾的經歷還要失敗，最終在與皮亞萊·帕夏和德拉古特的土耳其艦隊的傑爾巴戰役中險些喪命。
安德烈亞·多里亞將他的遺產留給了喬瓦尼·安德烈亞。
多里亞·潘菲利·蘭迪家族是喬瓦尼·安德烈亞·多里亞的後裔，並承襲了他的梅爾菲王子頭銜。
一直到1560 年 11 月 25 日，這位熱那亞海上強者才去世，他活了95歲。
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從1528年直到去世，多里亞在熱那亞共和國的決策中發揮了主導作用，被視為當時歐洲首屈一指的海軍領袖。
他被神聖羅馬皇帝查理五世任命為大海軍上將，利用這一職位既保護了熱那亞的獨立，又鞏固了自己對這座城市的控制。
他還透過自己擁有的船隻擔任私掠者，以增加財富。
他的艦隊幫助確保了西班牙與義大利之間的帝國海上航線，儘管在對抗顯著威脅的奧斯曼海軍方面成效不一。
作為熱那亞的統治者，多里亞對共和國的憲法進行了改革。
他對熱那亞共和國的憲法改革一直持續到1797年共和國結束。
為了紀念這位海軍上將，幾艘船隻以他的名字命名，其中最著名的是義大利客輪安德烈亞·多里亞號（SS Andrea doria），於1951年下水，1956年因碰撞沉沒。
