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在統治熱那亞時期，多里亞以貴族的視角對憲法進行了改革，消除了困擾共和國數世紀的派系，建立了一個由城市主要貴族家庭組成的新寡頭政府，形成了28個“阿爾貝爾吉”（Alberghi）或“家族”。
這些新興統治階級的28個阿爾貝爾吉包括了西波家族（cybo）、多里亞家族（doria）、菲斯基家族（Fieschi）、朱斯提尼亞尼家族（Giustiniani）、格里馬爾迪家族（Grimaldi）、因佩里亞爾家族（Imperiale）、帕拉維奇諾家族（pallavicino）和斯皮諾拉家族（Spinola）等。
他拒絕了擔任熱那亞領主甚至公爵的提議，但接受了“永久審查官”的職位，直到去世都在共和國的理事會中發揮著重要影響。
在這個背景下，“審查官”的稱號源於古羅馬的意義，即一位備受尊敬的高階公職人員，而非現代意義上與審查相關的含義。
他獲得了兩座宮殿、許多特權，以及“解放者與祖國之父”（Liberator et pater patriae）的稱號。
他定居在位於法索洛（Fassolo）的一座新修復的別墅內，該別墅是文藝復興時期的傑作，名為“王子別墅”（Villa del principe），位於現已拆除的聖托馬索門（porta di San tomaso）外，直到去世一直居住在那裡。
為了保護恢復後的共和國免受未來外敵的攻擊，安德烈亞·多里亞贊助了新城牆的建設。
這座城牆於16世紀30年代建成，由軍事工程師喬萬尼·瑪麗亞·奧爾賈提（Giovanni maria olgiati）設計。
新城牆實際上沿襲了14世紀舊牆的路徑，但將舊有的方形塔樓和牆體替換為新的幕牆和三角形堡壘。
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多里亞再次開始專注對付奧斯曼帝國和巴巴里海盜。
1529年，西班牙艦長羅德里戈·德·波圖多（Rodrigo de portundo）被海雷丁·巴巴羅薩的副手艾丁（Aydin）和薩利赫（Salih）擊敗。
多里亞僱傭了法國僱傭軍，發動了對巴巴羅薩保護下的謝爾謝爾（cherchell）的攻擊，洗劫了該港口並解放了許多基督教囚犯，由於僱傭軍紀律渙散，當他的艦隊在土耳其人到來之前不得不啟航時，他最終拋棄了他們，任其自生自滅。
1532年9月，針對四月土耳其入侵匈牙利的情況，多里亞帶領一支由西班牙和熱那亞組成的艦隊，出動48艘戰艦和35艘其他船隻，攻擊了愛琴海的奧斯曼陣地。
他抵達達達尼爾海峽和伯羅奔尼撒半島，奪取了科羅內（corone）和帕特雷（patras）。
次年，奧斯曼帝國試圖透過呂特菲帕夏（Lutfi pasha）指揮的龐大艦隊收復科羅內，但多里亞以巧妙的戰術將其擊敗，在無風的情況下透過用他的戰艦拖拽船隻來機動應對土耳其艦隊。
愛德蒙·於連·德·拉·格拉維耶（Edmond Jurien de La Gravière）將他在戰鬥中的戰術稱為16世紀最巧妙的海上作戰之一。
巴巴羅薩則從阿爾及爾和突尼西亞發起了自己的攻勢，他的猶太副手西南·雷斯（Sinan Reis）給予了支援。
1535年，查理五世號召征服突尼西亞，多里亞與另一位新興的海軍指揮官阿爾瓦羅·德·巴贊（álvaro de bazán the Elder）共同分享海軍指揮權。
艦隊成功佔領了突尼西亞，但巴巴羅薩成功逃脫。
查理意圖繼續進攻阿爾及爾，
