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1540年，多里亞的侄子賈內蒂諾·多里亞（Giannettino doria）在吉羅拉塔戰役（battle of Girolata）中取得了重大勝利，俘獲了除巴巴羅薩之外最傑出的土耳其艦長德拉古特（dragut）。
安德烈亞將他作為戰船奴隸在自己的旗艦上囚禁了四年。
此時，多里亞的常年合作伙伴貝爾納迪諾·德·門多薩（bernardino de mendoza）在阿爾博朗戰役（battle of Alborán）中再次擊敗奧斯曼海盜。
1541年，安德烈亞、賈內蒂諾和門多薩被查理五世招募，發起了一場征討阿爾及爾的遠征，旨在再次捕捉巴巴羅薩。
多里亞試圖警告皇帝此次行動時機糟糕，因為那是秋季，地中海天氣危險，但他的警告未受到重視，熱那亞人無奈地接受了參與。
結果卻是一場災難，風暴摧毀了帝國艦隊，儘管多里亞家族設法保障了大部分艦隊的撤退，但仍需付出很大努力來重組其他熱那亞艦長的隊伍。
這也是一場屬於海雷丁的偉大勝利。
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1542年，法奧聯軍攻陷尼斯，安德烈亞·多里亞追擊敵軍，俘獲了四艘船隻。
法國和奧斯曼結盟了。
在五月，海雷丁·巴巴羅薩率領110艘戰艦襲擊雷焦（Reggio），並與法國艦隊在馬賽（marseille）會合，指揮權與弗朗西斯·德·布林戈涅（Fran?ois de bourbon）共享。
巴巴羅薩和布林戈涅再次征服並洗劫了尼斯，唯獨城堡未遭破壞，但在多里亞到來時他們選擇撤退。
多里亞在維爾弗朗什（Villefranche）登岸，帶來由阿方索·達瓦洛斯（Alfonso d'Avalos）率領的陸軍，尼斯得以恢復，而法土艦隊則轉移至安提貝（Antibes）。
令基督教世界大為憤怒的是，1544年，在巴巴羅薩支付了三千杜卡特金幣後，多里亞釋放了德拉古特。
巴巴羅薩先以封鎖熱那亞威脅過多利亞。
多里亞或許想借此爭取奧斯曼帝國的同情，以備不時之需，萬一自己的親屬被俘，也好談判。
但他最後還是為此決定感到悔恨，因為德拉古特（dragut）在未來的戰爭中屢立戰功。
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熱那亞人建議達瓦洛斯不要與法國人直接交戰，但由於雙方關係緊張，達瓦洛斯對這一建議置之不理，最終選擇出擊，卻在塞雷索爾（ceresole）戰役中遭到失敗。
多里亞積極出擊，阻止了法國人利用這一機會，襲擊他們在海岸的陣地。
在1544年弗朗索瓦與查理簽訂克雷皮和約（peace of crépy）後，多里亞希望能安享晚年。
然而，他的鉅額財富和權力，加上侄子兼繼承人吉安內蒂諾·多里亞（Giannettino doria）的傲慢，使得他樹敵眾多。
在1547年，費斯基（Fieschi）陰謀試圖將他的家族趕下臺，吉安內蒂諾在這一事件中被殺，但陰謀者最終被擊敗。
多里亞對他們的懲罰極為嚴厲，奪取了許多陰謀者的封地。
他還被牽連到皮爾·路易吉·法爾內塞（pier Luigi Farnese 帕爾馬和皮亞琴察公爵）謀殺案中，而法爾內塞曾支援費斯基。
其他陰謀接踵而至，其中最重要的是朱利奧·西博的陰謀（1548年），但都以失敗告終。
儘管多里亞雄心勃勃且手段嚴厲，但他始終是一個愛國者，成功抵制了查理皇帝多次希望在熱那亞建立由西班牙
