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&ldo;天子曰：聞奏。準其所請！&rdo;
隨著正親町天皇含混不清的鶴音，三好義繼成為新的徵夷大將軍成為定局。這不是足利公方禪讓時的可有可無，這是萬世一統的神國之主透過他的人間子孫下達的天命，在任何時代都是象徵著至高無上的神聖。對此三好義繼當然不會拒絕，何況這本身就是他自己的意思，然而世界並沒有因為他將成為徵夷大將軍而有所變化，戰爭仍然是想當然的主旋律。
天正九年二月初九，三好家召集天下大名齊聚安土，見證三好幕府的成立，然北條、伊達、島津諸藩相繼拒絕或是根本就沒有回應。據此，三好家以大不敬為由率先討伐關東北條氏。
天正九年十月二十日，三好家率天下聯軍二十萬最終以大筒轟破小田原城，北條家上下被迫闔族自焚於本丸天守閣內。
天正九年十月二十一日，幕府下達關東大轉封的敕令。越後上杉家被轉封到了房總三國八十五萬石，宿將荒木村重入領上野十九萬石，一門三好政康轉封越後、羽前三十萬石，吉川家移封南武藏鎌倉二十七萬石，穗井田元清則和其他幾位三好家新晉冊立的國主被安置在了越後，德川家用信州領地交換回了遠江
天正十年四月，公方義繼於駿府城頒布《羽奧止武令》。同年五月，以十五萬大軍幸下野宇都宮城，最上、南部、伊達、安東、相馬等羽奧諸強紛紛謁見，遂轉封伊達於北武藏四十七萬石、其原領授十子大熊丸（結城元繼，結城晴朝養子），其餘諸豪一一安堵，則東北平定。
天正十一年八月，以九州戰亂為由發兵豐前，三十萬大軍旬月間連戰連捷，兵威所到之處，無不俯首臣服。月末以龍造寺隆信暴虐好殺，賜死，減封，十月初與島津家會獵肥後，三戰，島津出降，九州遂定。而返師途徑四國，十河存保、蓧原長房等反。十一月，擊破叛軍，長房自盡，而存保生擒，同月，竹中重治操勞過度，嘔血而亡，公方以盡誅蓧原等謀逆各族已祭，而存保以一門獨存，幽居京都，以五千石養老料終老。改易波多野家於伊予、長曾我部家全土佐、武田元明主伯耆半國，以小早川隆景為肥後四十萬石主（後以義繼第八子天一丸小早川景繼嗣承肥後藩），賜島清輿為筑後十五萬石諸侯。五子龍王丸（十河存繼，十河存保養子）承繼十河贊岐、淡路兩國，百年大戰至此落幕。
天正十二年正月，以天下平底命列藩止武，以一國一城為限。二月，大阪入城，賜旨天下，為戰殪者設神宮為祭，朝旨以為亡者為神，遂使天下歸心。
天正十三年六月，義繼渡讓公方與嫡子繼長，八月，朝廷授太政大臣一職，十月，移居駿府，以大御所遙控政務。
天正十五年，三好家遠洋船隊首達美洲，以夷名不雅，改稱為扶桑洲，至此三好家正式開始了殖民扶桑大陸的歷史。
天正十八年，以人丁滋長，浪人橫行為由，強制向扶桑大陸開始了第一批武裝移民，三年後向天下諸侯公佈發現三百個日本大的領地，引起轟動，遂使殖民扶桑成為日本舉國大事。
慶長八年，日本各藩已在扶桑佔據四百萬石以上的殖民地。同年義繼歸政與繼長，率各藩主約五十人出海，年終抵達扶桑。
慶長十年，三好將軍唆使天皇朝廷移居扶桑。
慶長十一年，朝廷和後陽成天皇曆風暴抵達扶桑，同行公卿十不存一。年底，有藩主進言：大御所重開天地，殖民扶桑，乃八百萬神明以來未有之大事，而扶桑之地非天照大御神所授之神國神領，亦非伊耶那岐、伊耶那美所創之八島神州，天皇何德何能再竊據大位，請大御所取而代之。
慶長十二年，義繼於扶桑廢天皇，以大陸名為國號建扶桑帝國，以為帝君，封嫡子繼長為東瀛皇掌東瀛故地，以西條閣所生第十三子為嗣君，掌扶桑
