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系將領都被軟禁，絕大部分軍隊都控制在了任思齊的手中。雖然任思齊並沒有下令殺掉被軟禁的鄭鴻魁施福等人，可鄭彩鄭森也知道大事不妙。
可是他二人現在掌控的僅僅是數百艘戰船三四萬水軍，實力如何能和佔據了整個福建的崇明軍相比，別的不說，若是崇明軍卡斷了糧食供應，不出半月數萬大軍將無糧食可吃。所以當任思齊派人來到島上，再次邀請二人往福州並保證二人的安全的時候，鄭彩動搖了，與其以卵擊石，不如拿著手中的船隊人馬和任思齊討價還價，好換個高官做做，憑藉十多年來積攢的數百萬兩的身家，逍遙一世豈不美哉！
誰料還未等鄭彩美夢成真，鄭森突然暴起發動，率數百軍隊直闖鄭彩的中軍，斬殺了鄭彩，接管了整個水師。鄭森是鄭芝龍的長子，是鄭家勢力名正言順的繼承人，鄭彩既死他手下的軍隊也都順理成章歸順了鄭森。
接掌了廈門島的水師之後，鄭森當即帶兵攻打金門，金門島本是鄭鴻魁的地盤，鄭鴻魁已經應隆武帝的聖旨往福州去了，群龍無首之下金門輕易被鄭森突破，除了少部分船隻逃亡泉州以外，大部分船隻水兵都歸降了鄭森。
佔據了金廈兩島之後，鄭森幾乎掌控了鄭芝龍大半的水軍，聲威大震，開始派兵四下登陸，搶奪糧食物質。
隆武三年（1647年）元月，茅十八奉命率領崇明軍主力艦隊百艘三桅帆船到達泉州，開始了對鄭森水師的圍剿。兩隻水師先是戰於泉州城外海面，鄭森部二百艘船隻被擊沉三十多艘，剩下的往南逃回廈門。
二月五日，茅十八率領船隊繼續南下，與料羅灣和鄭家主力艦隊相遇，雙方展開了有明以來最大規模的海戰。
一方是百艘三桅帆船，都是檣桅高聳的大型福船，每艘上面都安裝著一到兩門紅衣大炮，其中更包括“公主號”和“飛魚號”兩艘荷蘭夾板船，每艘上面都有數十門大炮，整支艦隊的紅衣大炮門數超過了兩百門。
而鄭家的艦隊船隻數量多達上千，其中除了大型福船兩百餘艘以外，海滄船、哨船、破浪船等各種船隻應有盡有。
兩支船隊僕一相遇，立刻進入了激烈的大戰之中，上千艘鄭家船隻圍著百艘崇明軍船隊展開了瘋狂的進攻，跳幫作戰、弓弩火箭攢射，火船進攻，各種傳統的海戰戰術接連使出。而崇明軍船隻則完全擺著防守的陣型，僅靠火炮攻擊敵艦。
這是一場不對稱的戰鬥，船隻多的一方並沒有取得一點的優勢，因為他們的船隻往往還沒有靠近對方，已經被密集的炮火擊沉。在先進的火炮面前，落後的戰術完全不夠看！
戰鬥從上午開始，等到夕陽西下之時，已經有兩百多艘鄭家船隻先後被擊沉，而崇明軍僅僅損失了兩艘普通的三桅帆船，雙方的戰損比是如此之大，以至於最後鄭家的船隻根本不敢上前廝殺，而是遠遠的逃離了開來。
百餘艘崇明軍船隻封鎖了料羅灣海港，鄭家的剩餘船隊被堵在了海港中根本不敢出來繼續作戰。第二天黎明時分，鄭森帶著百餘艘主力戰艦強行突圍，損失了一半的船隻之後，突破崇明軍的封鎖逃入了茫茫大洋之中。
茅十八指揮著船隊進入了海港，剩下的鄭家船隻紛紛投降，崇明軍登上了金門廈門兩島。
隆武三年三月五日，任思齊任命陳名揚為福建總兵，統率留在福建的四萬新軍，任命任峻為福建巡撫，作為福建的最高官員。同時組建南洋艦隊，以茅十八為水師提督，下轄五百餘艘各式戰船負責福建對外的海貿，以及經略南洋航線。
此次南下福建，除了整編了鄭家的軍隊以外，鄭家十多年海貿積攢的龐大財富也落到了任思齊手中，各種財富摺合白銀高達一千多萬兩。任思齊大爽之下，宣佈免除福建全省賦稅三年，以收穫民心。
三月八日，安排妥了福建
