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明軍當中所有受到感染的人都被安置到了對馬島和九州島之間的伊岐島上，之後這個島也被封鎖了起來。控制瘟疫在外面蔓延，這是明軍當下最為緊要的任務。
在某種程度上來可以說此次大明出征倭國的戰事已經結束了，在撤出本州島之後，明軍並沒有就這樣停了下來，因為整個倭國還有一個島嶼沒有被佔領呢，那就是北海道島。
這個處於倭國最北端的大島並沒有給明軍造成任何的麻煩。雖然這裡是整個倭國除了本州島之外第二大的島嶼，但是實際上他連本州島上的一個諸侯國都比不上。
雖然地盤大，但是這裡氣候嚴寒，居住的人口極少，實力更是弱不可言。明軍到達上面的時候根本就沒有經過交戰，北海道上僅有的幾個不入流的大名早就聽聞在其餘三島之上戰事之慘烈了，所以看到明軍之後他們根本就興不起抵抗的心思。
至此，雖然大明沒有直接佔領整個倭國，但是現在的情況或許在某種程度上比直接佔領了倭國還要好得過了。
透過明軍有效的治療以及隔離政策，明軍當中的瘟疫很快就被控制住了，最後經過長達三個多月的治療，明軍當中最後一個被感染瘟疫計程車兵成功痊癒。
前前後後明軍受到感染的人數一共多大七萬多人，好在大部分都已經痊癒，到最後因為瘟疫死亡人數在四千多人左右，造成不可恢復傷病的有五千多人。等於說一場瘟疫讓明軍損失近萬人的兵力。
對於這個結果朱厚照已經很滿意了。就大明現在的醫療條件能夠在這種情況之下讓絕大多數被感染者痊癒幾乎可以稱之為一種奇蹟。
但是明軍沒事了，倭國本州島上卻仍舊處於地獄之中。用地獄這個詞語來形容本州島上的情景沒有人能夠反對。
透過明軍持續不斷的對島上情況的檢測。上面的情況每一天都被反饋到了外界。
到了現在除了那些躲藏到了深山當中的人之外，其餘的地方已經幾乎見不到沒有感染瘟疫的人了。
對於島上的七百多萬人來說，這是一場前所未有的浩劫，明軍雖然退出了那裡，但是如果有選擇的話，他們寧願明軍沒有退出本州島。
以前明軍在的時候好賴有時候軍隊當中的郎中還會拿出一部分的醫療物資送給當地的居民讓他們用來防治以及治療瘟疫。
而有時候明軍當中的郎中甚至會出於同情親自去治療一下當地的患者。當時明軍幾乎遍佈整個本州島，可以說受到明軍恩惠的當地居民不再少數。
可是隨著明軍的完全撤退，這些全都沒了。沒人再給他們醫療物資了，也沒人再給他們看病了。
更讓人絕望的是明軍撤離之後島上出現的混亂局面。明軍雖然是一個外來的統治者，但是畢竟明軍還有這極其優良的軍紀，同時明軍對於較服從地區的統治還比較溫和。所以他們當時還算是得過且過。
但是現在呢？明軍是走了，不過之前的戰爭已經讓整個倭國的原由上層統治者被清洗一空，明軍撤離之後的權利真空迅速的刺激著島上的一些野心分子。內部的戰亂不可避免。哪裡的明軍撤離，第二天準定爆發衝突。
瘟疫讓人們恐慌。遍佈本州島各地的衝突則不斷的加劇著島上局面防止瘟疫的困難，到了現在，上面的戰亂以及基本上停止，因為幾乎所有人的都在等待著死亡的來臨。
九州島、四國島以及北海道上的居民應該是幸運的，因為他們因為大海的原因可以不受瘟疫的困惱。
或許等到這場前所未有的瘟疫消退了之後，他們就要成為整個倭國最後的人了。
不管怎樣那裡的戰事已經算是結束了。除了還在封鎖本州島的海軍之外，剩下的十幾萬步兵已經開始陸續撤退了。鎮守其餘三個島嶼根本就用不了多少的軍隊。
