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傅斯年留學時生活極為艱苦，但他依舊買書，他在給羅家倫信中寫道：現在“又有火爐子費，又交學費，故實是十分節省，每日吃飯在二馬克與三馬克之間，未曾看戲一次。書是買了一部文法，一部梵文法，一部Karlgren的語言學，上一是上課，下一是為寫書用。”
趙元任的妻子楊步偉描述過傅斯年在柏林的日子。楊步偉說，她與趙元任到柏林的第一天“就有一些中國在德的留學生來看我們，也是現在很多的名人在內，我們多數是聞名沒有見過面的，這些人以前是英美官費留學生，大戰後因德國馬克正低，這些書呆子就轉到德國去，大買德國的各種書籍，有的終日連飯都不好好地吃，只想買書，傅斯年大約是其中的一個。”
傅斯年最終轉向研究實證主義史學，並顯示出了驚人的天賦，俞大維曾對人說：“搞文史的當中出了個傅胖子，我們便永遠沒有出頭之日了。”
1928～1937年，傅斯年領導歷史語言研究所排除阻力，對以安陽為中心的殷墟作了15次大規模的考古發掘，找到大批甲骨文和殷商文物，為殷商史和甲骨文研究奠定了堅實的基礎。石璋如回憶說：“那時是殷墟第13次發掘，所用人力在三百人以上，為殷墟發掘以來規模最大的一次。也是中國的考古工作在國際間最煊赫的時期。約在五月中旬，氣候已經相當的熱了，他和法國的東方學者伯希和先生到達安陽……伯希和先生對著那樣偉大的陵墓，那樣排列整齊的小墓，那樣大量並精美的燦爛的器物，在孟真所長面前，不斷的驚訝和讚歎！”
抗日戰爭爆發後，史語所最終決定南遷，隨同搬遷的還有傅斯年視為珍寶的21萬冊藏書。傅斯年親自選擇路徑，並指定由圖書管理員那廉君負責護送。
北京和臺北的故宮博物館都藏有大量明清檔案。辛亥革命後，這批檔案被日本的一家公司買下，打算運回日本。羅振玉、馬衡等著名學者曾為保護這一無價之寶出了大力，傅斯年在陳寅恪和胡適的建議下，向中央研究院院長蔡元培申請撥款買下這批檔案，最終讓這批珍貴的內閣檔案免遭劫難，直至今天，中國史學研究仍深受其惠。
傅斯年說：“凡一種學問能擴張他所研究的材料便進步，不能的便退步。”“一分材料出一分貨，十分材料出十分貨，沒有材料便不出貨。”他甚至直截了當地說：“史學便是史料學。”
傅斯年經常被引用的名言是：“上窮碧落下黃泉，動手動腳找東西。”
傅斯年嚴於律己，南京夏天燠熱，他人胖，煙癮又大，在閱讀北宋刊的《史記》、《敦煌卷子》等珍貴資料時，堅持不開電扇，不抽菸，精心保護。
傅斯年堅決反對以倫理道德或政治等理由歪曲歷史。他說：“對青年是不應該欺騙的，治史學是絕不當說謊的。”“把些傳統的或自造的‘仁義禮智’和其他主觀，同歷史學和語言學混在一氣的人，絕對不是我們的同志！”
傅斯年留學之初學習心理學。1940年初，傅斯年曾在西南聯大作過一次學術講演，題目是《汪賊與倭寇——一個心理的分解》，此文是用弗洛伊德的心理分析方法，解析汪精衛如何一步步走上了叛國之路。傅斯年先用汪精衛的出身和成長壞境分析汪精衛性格的形成，而後又說陳璧君的剛戾兇妄也是助因。這種“不度德量力”的要求，形成了他極度扭曲的心理狀態，以及他一生人格上和心理上的變態，從而表現為他從事各種極端的政治上反覆無常的投機和賭博。在傅斯年看來，倭寇與汪賊大有相同之處，日本小鬼最富於“卑賤疙瘩”，“看到自己那副猢猴形，更恨得非做‘人上人’不可”。傅斯年文中最後結論是：“汪賊有己無人，發了邪火，便欲斷了同種；倭賊有己無人，動了狂念，便欲滅絕人類。二者都是一種犯罪心理，不過一個是孤獸，一個是狼群
