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除此之外，朱棣於永樂四年詔建北京宮殿，永樂七年營山陵於北京昌平天壽山，十四年作北京西宮，詔文武大臣集議營建北京，十五年命陳矽董營建北京，十八年命蔡信重修北京誠垣。朱棣「焦勞聖慮幾二十年，工大費繁，排程其廣」 ，可以說為經營北京費盡了心機。
再說第二方面，加強守衛北京的軍事力量，以對付國內的政治反對派。為此，他不惜動用防禦蒙古的兵力，破壞朱元璋苦心經營的北邊防禦部署。
洪武三十五年(建文四年)九月乙巳，命都督陳國用、孫嶽、陳賢，移山西行都司所屬諸衛官軍於北平之地，設衛屯種：雲川衛於雄縣，玉林衛於定州，高山衛於保定府，東勝左衛於永平府，東勝右衛於遵化縣，鎮朔衛於蔚州，鎮虜衛於涿州，定邊衛於通州。 丙午，改大同中護衛為定州衛。
永樂元年三月壬午，改北平行都司為大寧都指揮使司，隸後軍都督府，設保定左、右、中、前、後五衛，隸大寧都司。調營州左屯衛於順義，右屯衛於薊州，中屯衛於平峪，前屯衛於香河，後屯衛於三河。設左、右、中、前、後五所，仍隸大寧都司。(已見上節)
按，是年大寧都司新城、富峪、會州、榆木、全寧、開平左、右、前、後衛、宜興守禦千戶所均廢，營州諸衛，興州諸衛、開平衛、開平中屯衛、寬河守禦千戶所均內徙。可以看出，朱棣調來加強北京的軍隊衛所，都是原來用以防禦蒙古的。在將大量衛所軍隊遷移部署到北京周圍的同時，朱棣還規定北京地區原有衛所兵力不得輕易減少。楊士奇記載朱棣有這樣一道令旨：「北京人民有在各處充軍者，今後勾補，不復發去，只就河開立一衛或一所，就此當軍。原衛軍伍別著人當。若北京衛分當軍的不動。」
若將這些情況與上文所述的寧王、谷王、遼王相繼內遷聯看，便可發現，永樂初年北邊防線是一個內縮的架勢。其當務之急，是集中兵力鞏固興王之地以對付國內的政治反對派。朱棣之所以敢於而且能夠這樣做，是當時韃靼、瓦剌的分裂、紛爭，他們無力南圖，使朱棣得以騰手南向，同時，兀良哈、韃靼的將領，與朱棣有良好關係，他們甚至率兵援助朱棣的靖難之役，朱棣自然無須對之設防了。
我們可以得出結論，朱棣設立北京，考慮遷都北京，其初並非用來防禦蒙古，相反，是撤消防禦蒙古的力量，以加強北京。
另外，朱棣將首都遷到北京，也有心理方面的原因。這不僅因為北京曾是他的藩邸所在，是他事業的基礎地盤，從而感到很親切，還因為南京給他造成的心理壓力。南京是朱元璋和朱允炆做皇帝的地方，朱允炆是朱元璋所確立的合法皇帝，但卻被這位聲稱「遵奉祖制」的叔父所推翻。朱元璋死而有靈，得無怒乎？朱棣坐在朱元璋和朱允炆曾經坐過的位子上，心裡是不會安寧的。當他面對祖宗陵墓，或想到死後要葬到朱元璋身邊，是會感到慚愧無顏甚至心驚魄震的。我們絕不能低估一個封建帝王迷信的程度。朱棣即位後，曾多次請番僧大做法事，「薦福於皇考皇妣」，一次齋醮便達七天七夜，不就是想得到冥冥之中的朱元璋的原諒嗎？朱棣無論如何也不願意死後被葬在朱元璋的身邊，即使不遷都北京，也不會繼續以南京為首都。這就是為什麼早在正式遷都之前便開始在北京營建陵墓的原因。
朱棣正式將都城遷到北京是在永樂十九年（1421年），這時朱棣的統治地位早已十分鞏固了，如果說還有反抗勢力的話，也已經無足輕重了。在這個時候朱棣為什麼還要堅持遷都呢？除了前面所講到的心理方面的原因外，除了遷都已成為既定國策外，人們常常提到永樂二十年、二十一年、二十二年的北征，認為北京足以發揮前線指揮中心的作用，其實還是把北京作為抵禦蒙古的基地來看的。如果認為遷都的原因是如此簡單，那還是未免太小看了
