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與此同時，建文朝在地方上進行了省州並縣，精簡機構。建文帝的這一措施，是針對洪武時的官冗政繁而採取的。早在洪武末，有識之士已建議朱元璋要「省冗官，減細縣」 。據《建文朝野彙編》等書所載進行粗略統計，幾年間撤銷的縣有三十九個，州九個和一批縣的同知、吏目、推官、知事、丞簿等。還撤銷了巡檢司七十三個，河泊所四十九個，遞運所十五個，水馬驛四十八個，稅課局一百零九個，稅課司四十一個和一些道紀司、道會司、道正司、僧會司、道會所、僧綱道紀司、鹽課局、鹽課司、茶課司、批驗鹽引所、閘，省去府州縣學訓導一百零四個暨其他一些官吏，只有個別零星的增設。值得注意的是，所撤消的多與稅收有關，而增設機構中，只有一個河泊所。大量的稅課局、河泊所等機構的撤銷，無疑會減輕人民的負擔，有利於經濟發展。明人朱鷺說：「(建文)四年之間，今日省州，明日省縣；今日並衛，明日並所；今日更官制，明日更勛階；宮門殿門名題日新，雖以干戈倥傯日不暇給而曾不少休，一何擾也！」「是正學(方孝孺)之過也。然在後世，民殘於多牧，祿糜於冗員，重以中官出使，道路繹騷，則汰官、省邑二事，固亦有足採者。未可謂建文時政，畢竟非也」 。話雖不甚到家，卻是有道理的。
建文帝所推行的種種措施，我們不妨稱之為建文新政。這新政是以其政治理想為指導的。
建文帝是儒家思想的忠實信徒，「所好讀書及古典文章」 。即位以後，他銳意文治，「日與方孝儒輩論周官法度」 ，一心恢復二帝三王之治。雖然歷代最高統治者都喜歡用此標榜自己，但建文帝是個天真的政治家，其言不似出於權術和欺騙。這可能是他失敗的重要原因。由於史籍殘缺，我們不妨從他的主要謀臣方孝孺的言論中考察一下他的思想。
方孝儒同樣是個天真的政治家。他甚至要在明朝恢復井田制。其目的在於「但使人人有田，田各有公，通力趨事，相救相恤」。他認為「富者益富，貧者益貧，二者皆亂之本也」，「使陳涉、韓信有一■之宅，一區之田，不仰於人，則且終身為南畝之民，何暇反乎」。 他行仁義，復井田，企圖避免貧富分化，消除禍亂之本，以達長治久安。顯然這些主張在君主社會內是無法實現的。
明朝已是君主社會後期。洪武三十餘年，經濟得到了相當的發展，但社會矛盾還是不斷尖銳化。僅《太祖洪武實錄》記載，洪武一朝的農民起義就達一百八十餘次之多。有鑑於此，方孝孺作為一個政治家，旨在以復古為口號為社會尋找出路，企圖克服當時社會無法克服的矛盾。他斥王淑英反對復井田的話為「流俗人之常言」，就容易理解了。
方孝孺思想的可取之處，是在於發揮了孟子的民本思想。他說：「能均天下之謂君。」眾人之所以要推選君主是為了「使人盡心於民事」。因此，「天之立君所以為民，非使其民奉乎君也」。他批評那些將君民關係倒置的後世之君：「知民之職在乎奉上，而不知君之職在乎養民。是以求於民者致其詳而盡，於己者卒怠而不修。」進而指出：「如使立君而無益於民，則於君也何取哉！」 270年後，被稱作具有啟蒙思想的清初大儒黃宗羲在新的歷史條件下寫作了光輝的《明夷待訪錄》。他在《原君》中激烈抨擊了君主制，他說：「古者以天下為主，君為客，凡君之所畢世而經營者，為天下也。今也以君為主，天下為客，凡天下之無地而得安寧者，為君也。」 他們之間，不僅僅是言辭相同而已。及黃宗羲作《明儒學案》，力排「以一死抹過先生苦心」者，首推方孝孺「以生民為慮，以王道為心」 。他們的心，是有其相通之處的。
方孝孺的思想與朱元璋的極端專制主義很難相容。朱元璋認為 「趨事執役以奉上者，庶民之事也」，「田賦力役出以供上者，乃其分也」
