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三年之後石井四郎獲得微生物學博士學位，到京都衛戍病院就職。這段時間裡，在學術雜誌上發表了一系列醫學論文，因其獨到的見解，在倭國的醫學界逐漸打響了名氣。
一次偶然的機會，石井四郎讀到了二等軍醫原田撰寫的有關細菌戰的報告書，引起他內心的強烈共鳴，他因此決定將細菌研究投入到戰爭中去，以攫取更大的利益。
此後，石井四郎不厭其煩的向陸軍部和參謀本部兜售細菌戰帶來的好處。
接下來的三年時間裡，石井四郎以考察的名義到達歐洲，當時倭國經常派遣所謂“最優秀的年輕軍官”到海外學習、考察軍事，同時儘可能多地收集情報。這段時間石井四郎先後到過二十多個國家，這廝所謂的考察，其實就是在世界各地蒐集不同的細菌樣本，為其所謂的帝國聖戰做準備。
石井四郎回到倭國，隨即開始進行細菌戰的準備。他認為：“軍事醫學不僅僅是治療和預防，真正的軍事醫學的目的在於進攻。”
緊接著，石井四郎向倭國陸軍省軍務局局長的永田鐵山少將建議：“我認為，研製細菌武器已刻不容緩，遲延一日，必將使帝國遺恨無窮。”
幾個月後，石井四郎成為陸軍軍醫學校防疫部教官，同時晉升為陸軍少佐。當然，他幾乎無時無刻四處遊說細菌戰的各種好處。他這樣做的目的就是在陸軍軍醫學校設立一個以自己為首的“防疫研究室”，以開展細菌戰的研究，最終成為倭國細菌戰的大本營。
石井四郎力主研究和利用細菌戰的建議，自然得到了倭國統治集團的讚賞，對於狂熱的軍國主義分子來說，就需要像石井四郎這樣的人才，自然給予積極幫助。
兩年後，東京若松町的陸軍軍醫學校內，石井四郎心心念唸的“防疫研究室”終於設立。大概是考慮到安全的需要，防疫研究室深處地下，空間狹小，他也僅有五名助手，然不可否認的是，令人談之色變的“食人魔窟”已經在這個世界上誕生了。
為了加緊細菌戰的研究，倭國軍部對石井四郎的支援可謂不遺餘力，其他陸軍部隊的經費入不敷出，而石井四郎用於細菌戰的研究經費，一直都在節節攀升。
次年八月，日本陸軍軍醫學校校長小泉將自己實驗室後面的一塊地給了石井四郎，建成一棟面積達一千七百平方米的新樓，與防疫部原來的建築相接連，並改稱為“防疫研究所”。
不久，石井四郎和增田知貞以及四個助手五個僱員隨行，喬裝改扮，用了一個多月的時間，跑遍了整個東北。他們的目的當然不是旅遊，而是要在白山黑水間找一個合適的地方，建立細菌研究基地。
他們之所以把細菌研究基地建立在東北，一來這裡很容易就能得到細菌研究的“馬魯太”，也就是活人。二來，東北與蘇聯的環境氣候相近，倭國的狼子野心可不止在華夏，還意圖把整個西伯利亞收入囊中。
很快，石井四郎帶領倭兵在冰城展開慘絕人寰的屠殺，為其清理出一片無人區，設立細菌研究所，建立石井部隊，又稱加茂部隊。此外，這支臭名昭著的細菌部隊還常冠名為“東鄉部隊”之名，這是因為石井四郎十分崇拜在日俄戰爭中的東鄉平八郎，而且他本人採用的別名也叫“東鄉大尉”，細菌部隊基地裡的宿舍區稱“東鄉村”。後來倭國為給軍國主義招魂，表彰他們對天皇的忠誠，建立了“東鄉神廁”。
石井部隊以日軍醫院為掩護，進行秘密的細菌研究活動。研究所的大鐵門經常關閉，由荷槍實彈的倭兵二十四小時把守。裡邊矗立一座二層的小黃樓，出入的都是一些倭國軍人和穿白大褂的倭人。
這個地方既像是工廠，又像是醫院。對外稱“關東軍防疫給水部”，加上這裡確實生產濾水器這個半公開的事實，為他們在裡面施行的罪惡勾當，掩人
