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清順治元年（1644），清朝的太醫院，最初設在北京正陽門東江米巷，也就是後來的東交民巷西口路北附近。該院有大門三座，均向西。用黑漆書寫&ldo;太醫院&rdo;三個大字的匾額懸掛於大門之上。大門前為門役的住房。左為&ldo;土地祠&rdo;，右為&ldo;聽差處&rdo;。太醫院內有大堂五間，是主要的活動場所，大堂內懸掛著康熙皇帝御賜著名御醫黃運的詩文：&ldo;神聖豈能再，調方最近情。存誠慎藥性，仁術盡平生。&rdo;大堂左側，有南廳三間，是御醫辦理公務的處所。大廳右側是北廳。後面是先醫廟，外門稱欞星，內門稱鹹濟，殿名景惠，南向，殿內供奉著伏羲、神農、黃帝的塑像，有康熙御書&ldo;永濟群生&rdo;匾額。先醫廟外北向為藥王廟，廟裡有銅人像。連線大堂的過廳是二堂，後面還有三堂五間。
光緒二十七年（1901），依照喪權辱國的《辛丑條約》第七款，將東交民巷劃為各國駐中國的使館區，使館區範圍內的中國衙署都必須按時搬走。太醫院只得暫借東安門大街御醫白文壽的宅子應差。不久，又暫移至北池子大悲觀音院。光緒二十八年，才於地安門外皇城根、兵仗局東建立新的辦公衙署，其建築規模較之從前要簡陋許多，現在遺址尚存，但已是面目全非，昔日衙門形式，難以再現。太醫院在紫禁城內東牆下、上駟院之北，設有待診、休息的處所，舊稱&ldo;他坦&rdo;，歲月流失，現也傾毀無存。
太醫院為五品衙門。醫務人員都有相應的職位，堂官稱為院使，相當於院長，為五品官，副職稱為左院判，官居六品，所屬官員有御醫，官居八品。雍正七年（1729）規定：御醫均受正七品，許用六品冠帶。還有吏目、醫士、醫生等，這些人員享受從九品的待遇，一般通稱御醫（又稱太醫），各醫官的品級，歷朝稍有變動。歷朝御醫人數，略有增減。以光緒朝為例：有御醫十三人，吏目二十六人，醫士二十人，醫生三十人。這些御醫全部是漢人。
太醫院的御醫，來自全國各地，從各省民間醫生以及舉人、貢生等有職銜的人中，挑選精通醫理，情願為宮中效力的人，量材錄用。如在康熙年間，同仁堂的創始人樂顯揚就曾擔任太醫院吏目一職。此外，太醫院還設有教習廳，培養醫務人材，由御醫、吏目充當教習。學習的內容有《類經注釋》、《本草綱目》、《傷寒內經》、《脈訣》等專業知識，經過六年寒暑透過考試合格，才能錄用為醫士或醫生。
雖然在康熙年間已有西藥進入宮廷，以後歷朝也引進了西醫、西藥，但太醫院主要是以中醫、中藥為皇帝和妃嬪診脈開藥。康熙三十三年（1693），康熙因患瘧疾，就服用過法國傳教士洪若翰送的金雞納，也叫奎寧。光緒二十四年（1898）九月初四日，法國駐華公使館多德福醫生也曾為光緒診病開藥。儘管如此，在絕大部分時間裡，他們從骨子裡還是相信中醫、中藥。正因為如此，中醫、中藥始終是太醫院的主導醫療手段。我們給大家講述的御醫、御藥基本上就是中醫、中藥。
太醫院按醫術分類設科，清朝初年為十一科，康熙朝和並為九科，分別是：大方脈、小方脈、傷寒科、婦人科、瘡科、針灸科、眼科、口齒科、正骨科。同治、光緒時期，又合併為大方脈、小方脈、外科、眼科、口齒科五科。各科都有專科醫生。
太醫院御醫，日常在紫禁城內東牆下的待診處輪流值班，隨時聽候太監的召喚，為皇帝、妃嬪看病、配藥，同時，也擔負一些其他與宮廷有關的醫療事務。這是其主要職責。此外，太醫院還承擔王公、公主、駙馬以及文武大臣等的醫療服務，這些人遇有疾病，太醫院奉旨派醫官前往，並將治療經過向皇帝奏報。在外地的公主、駙馬及臺吉大臣有病，也得奉旨攜帶藥品前往診視
