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懷仁見我露出不忍之色，便笑道：“那一場禍事，已然過去，本就是黑與白，是與非的爭論，那楊光先，本是宵小鼠輩，蚍蜉撼樹之舉罷了，你看，我這不是好好的麼？你…莫在心上…”
我見他反過來安慰我，知他說得簡單，事實上的情況非常慘烈，這等於是一場無端的滅教運動，理由非常牽強可笑，那楊光先確實是宵小鼠輩，所謂的祖宗之法反智理論大行其道，在審理案件過程中，湯若望、楊光先兩派人馬多次在官庭上交鋒，楊光先等從天文、曆法、地理、宗教諸一方面對湯若望進行批駁，湯若望等也針鋒相對地予以駁斥……但最後，湯若望以及杜如預、楊宏量、李祖白、宋可成、宋發、朱光顯、劉有泰等欽天監官員被判處斬。後因天空出現彗星，京城又發生地震，太皇太后干預，改判湯若望、杜如預、楊宏量免死，但是李祖白等五人依然被斬。
湯若望辛辛苦苦建立的傳教體系被破壞，彼時隨著傳教士人數的增加、活動範圍的擴大，中原天主教信徒人數增長較快，1650年之後，信徒已達到15萬人。
可是這一切便如摧枯拉朽般變化，極權思想專制體制在中國一日不除，愚民政策及反智主義便會大行其道。楊光先甚至稱：“寧可使中國無好曆法，不可使中國有西洋人”……1666年8月15日，湯若望逝於南堂。各省督撫奉旨拘押當地西方傳教士30餘人，除懷仁等教士留京，其他25人被押至廣州圈禁。
……
見我沉默不語，懷仁道：“老師在獄中，也是吃盡了苦頭，幸好有我在身邊一直相陪，也算你我盡了一份孝心。”
我輕輕依偎在他身邊，嘆道：“我只愧疚我未使上半分力，讓老師和你這樣受罪。”
他與我輕輕拂去淚水：“你走時性命堪憂，在那邊又一個人撫育孩兒……若過來，豈不是讓我更加心痛？”
我聽了此語，面對這一場浩劫，也知自己無可作為，過來便是給他添麻煩，輕撫他手，說道：“好在，這一切都過去了，老師若見你後來行事，在天之靈也會欣慰的。”
的確，當時湯若望年邁體衰，語言不清，每當受審時，都是懷仁陪他出庭，代他申辯。在監獄中，懷仁對老師也是關懷照顧備至，甚至放棄了自己可以出獄的機會，直到為他辦理後事。
康熙帝親政後，為湯若望案平反帶來曙光，懷仁得到皇帝的信任，不失時機而又審慎地請求康熙讓流放在廣州的傳教士們迴歸內地，同時，追究楊光先等僭越大權、假公濟私誣陷、禁止宣揚天主教並驅逐傳教士等問題。經王公大臣會同審議後，終於皇諭公佈：天主教義教規曾被不公正地查禁，今查明並無違反國家利益庶民職守之道。為此，凡被逐教士可回原堂從事本職。1671年，再下諭旨為湯若望公開平反昭雪，恢復時憲曆，恢復原賜榮銜，又撥鉅款為其修建墳墓，御賜祭文一篇。
此過程中，懷仁的天文歷算知識對冤案的平反，起了重要的作用，同時也取得皇帝信任，確立了自己在天文歷算方面的威望。
正是：
虎踞龍盤今勝昔，
天翻地覆慨而慷。
天若有情天亦老，
人間正道是滄桑。
