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之後，他被指控犯有受賄罪，他本人承認不廉和失職，被迫退休；度過了人生的最後五年。
培根在思想領域中所取得的成功要比他在司法界的成功更為經久不衰。經驗論、一切知識來源於經驗這一種哲學思想並非培根的創新；16世紀瑞士的鍊金術士帕拉西塞斯，針對蓋倫和別的古典物理學家對權威的依賴性，已經強調經驗論的重要性。培根的貢獻在於強調有控制的、反覆的實驗，而且要在理論指導下各方配合、方向明確、目標專注。
培根在1620年發表的文章《學術研究的新手段》中開始重建全新的學術觀念，先是向一切欺騙人類、誤導人類、迷惑人類的學術觀點發起攻擊（他把這些觀點稱為&ldo;謬論&rdo;），繼而指明他本人所主張的通向真理的道路。
《新亞特蘭蒂斯》1（1627）是他沒有寫完的反映鳥託邦理想的著作。新亞特蘭蒂斯是一個島嶼的名字，那裡科學方法已趨完善，建造了實驗室來探索自然，科學上的發現已被用來改善人民的生活，不過哪些發現公諸於眾、哪些發現仍需保密由科學家們來負責決定。
【1 亞特蘭帶斯是傳說中的島嶼，據說位於大西洋直布羅陀海峽以西，後沉於海底。】
《新亞特蘭蒂斯》的精彩部分是對薩羅門（或所羅門，傳說中古代最聰明的人）研究院的描寫。他那個院子極像現代的研究院或實驗室。或許因為培根對科學的實用性的見解並未受政治理論的玷汙，他的觀念比社會科學家的主張更快地被付諸實施。不出三十年英國就成立了&ldo;哲學社&rdo;，從事自然現象的研究，並討論科學資料和理論；1662年&ldo;哲學社&rdo;以&ldo;皇家學會&rdo;的名稱註冊登記，作為一個科學團體一直存在至今，培根當時所定下的原旨仍得以遵循。
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