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墨子一方面是個經驗主義者，重視從實踐中得出的經驗材料，相信其反映事物屬性的可靠性，並把它當作正確認識的來源。因此，墨子對事物存在的普遍差異就不能熟視無睹，肯定差異存在的客觀性，&ldo;二必異&rdo;。 墨子指出，同與異具有在相互比較、相互聯絡中才能顯示其存在，&ldo;同異交得放有無&rdo;。 別異就自然成為墨子基本的思維原則，&ldo;以類取，以類予&rdo; 也就成為墨子認識活動的重要方法。
同時，墨子又是理想主義者。&ldo;同&rdo;始終是墨子追求的理想境界。&ldo;同。異而俱於之一也。&ldo; 墨子認為，同的根本表現在於：差異是由同一形成的，所謂同根之同，說明萬物同於根，至小亦同。同時，墨子又認為，萬物差異歸根到底又構成一同，&rdo;不外於兼，體同也，&ldo; 說明萬物同於一兼，至大亦同。在墨子的思想中，同既是異的原因，又是異的結果，同一比差異更為根本。從墨子追求的理想境界來看，&rdo;同&ldo;是墨子的最高理想，尚同是墨子最基本的信念。在墨子的思想體系中同和異在本質上是對立，同和異之間沒有聯絡轉化的中間環節。同為什麼又如何生成異，異為什麼又如何構成同?在理論上，邏輯推理上得不到合理的說明。尚同和別異作為兩個基本的思想原則當然就悖反了。尚同和別異思維原則的背反，從認識論的角度看，表現為感性經驗的直觀性和理性思維直覺抽象的背反;從社會階級的根源看，表現為追求階級利益的現實內容和超階級利益的普愛形式的背反;從存在與思維的關係看，表現為唯物與唯心的背反。
尚同和別異的背反滲透到墨子認識自然事物的科學活動中，一方面墨子肯定自然萬物差異存在的客觀性，肯定自然界變化現象的普遍存在，所以別異分類是認識自然萬物的有效手段;另一方面墨子又認為萬物構成的基元及途徑都是絕對同一的。
墨子從物體本身的內在結構來說明自然萬物差異存在的客觀性，提出了&ldo;端一體一兼&rdo;的結構層次觀念。墨子從物體本身的物質構成來說明物體存在的形式及變化的原因，堅持了從最簡單的，可分析的因素來理解物體宏觀現象的傾向，從而使對自然物體的科學認識建立在堅實的物質性和具體可分析性的基礎之上。
墨子認為，任何物體都是由物質基元‐‐&ldo;端&rdo;構成的，&ldo;體也，若有端&rdo;。同時，體也是更大層次的物體‐‐&ldo;兼&rdo;的構成單位，&ldo;體，分於兼也。&rdo;&ldo;端&rdo;是一種可以獨立存在&ldo;有&rdo;的一種基本形態，&ldo;非半弗則不動，說在端。&rdo;從幾何特徵上看，&ldo;端是無間也&rdo;。 這個&ldo;端&rdo;是絕對同一的構成基元，它在幾何、物理特徵上都是同一的，至小無內，至小亦同。萬物都是透過由端成體，由體成兼的同一方式構成。那麼同一的基元，同一的構成方式如何能構成多種形態的自然萬物?絕對同一的基元和其所構成的二必異的萬物之間缺乏聯絡的中間環節。&ldo;和實生物，同則不繼&rdo;。 同一基元，同一構成方式不能從理論上說明構成萬物的差異。在認識自然的過程中，尚同和別異作為基本的思維方式就不可調和了。
古希臘、近代科學的原子論思想認為，存在不同種的基元原子。同種或不同種的基元在數量及空間形式方面，在各層次上的不同組合才構成了互異的萬物，從而在理論上得到了一個自我完成的解釋。在這基礎上，能進一步從基元本身的結構和性質來探求基元組合的動力問題。因而原子論為科學理論思維沿著結構分
