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體實驗問題上受到欺騙的桑德斯，是透過內藤的報告首次掌握了731部隊的全貌，才可能陸續地審訊部隊的幹部。9月9日在盟軍總司令部，對陸軍兵器行政本部的新美清一就化學武器問題進行審訊。同月27日，在陸軍軍醫學校的審訊中，取得了芥子氣和路易士氣等毒氣治療法的報告（《每日新聞》1984年8月16日）。同月20日，在軍醫學校審訊了出月三郎（防疫室室長）和井上降朝（細菌學教室室長）。得到的回答是：軍醫學校防疫研究室負責防衛方面的任務，配置在哈爾濱、北京、南京、廣東和新加坡的固定防疫給水部的任務，如同招牌上所寫的是防疫給水。而對於細菌戰武器及其研究，一無所知。對桑德斯來說，&ldo;這雖是關於細菌戰問題最早的審訊，但這種回答是完全不能令人滿意的&rdo;。出月等人不僅沒有供出日本軍醫學校與哈爾濱（平房）731部隊的關係，而且連進行過攻擊性細菌實驗也未交代。10月1日再次審訊細菌戰防禦負責人井上降朝時，他說，軍醫學校的研究記錄在遭受空襲中90以上業已燒毀，巳不可能找到。但是，到了11月，新潟支部送來了記錄的複製件，弄清了遺留下來的問題。1988年8月，山中恆先生發現了《陸岸軍醫學校防疫研究報告》中的第二部10號至947號，共61冊（《朝日新聞》，1988年8月21日）。報告包括大量培養霍亂、鼠疫菌以及大量提煉河豚毒等內容，揭露出隱藏在731部隊後面的防疫研究室的真實情況。此外，《研究報告》中包括了石井四郎於1940年3月30日在軍醫學校召開軍醫藥物學會議上所作的演講記錄（第99號）。據此，認定固定防疫機構是關東軍防疫給水部（哈爾濱部隊長石井四郎，在編人員為1836人，1936年8月11日組成），除此之外，還有五個機構：華北防疫給水部（北京）、華中防疫給水部（南京）、華南防疫給水部（廣東）以及&ldo;陸軍軍醫學校防疫給水部研究室&rdo;（部隊長石井四郎，東京在編人員310人，1933年4月1日組成），從而弄清了東京防疫研究室和防疫給水部的關係。另外，還有22支機動防疫機構，其中一支就是參與諾門坎事件的加茂部隊（部隊長石井四郎，在編人員為995人，1939年6月21日組成，已復員）。
由於對陸軍軍醫學校有關人員的審訊&ldo;是完全不能令人滿意的&rdo;，桑德斯又審訊了陸軍省醫務局局長神林浩和海軍省醫務局局長保利信明。在9月25日的審訊中，神林給桑德斯留下了&ldo;非常合作的強烈印象&rdo;。事實上，10月2日他提供的731部隊的基本資料：即部隊的規模（本部、支部的駐地）、命令系統圖、部隊任務、本部組織機構圖（731部隊（平房）各部部長姓名以及牡丹江、林口、孫吳、海拉爾、大連各支隊的支隊長姓名），還有疫苗和血清的生產能力等，給人的印象是&ldo;在整個日軍中細菌研究只不過是沒有價值的小規模&rdo;而已。沒有提出超過防禦性實驗的資料。內藤良一在10月6日的審訊中最早說&ldo;平房研究所的任務，從一開始就是將細菌戰武器作為實戰武器來研製的&rdo;。同時，結合示意圖說明在平房建立這支部隊的經過，以及&ldo;宇治&rdo;型炸彈、&ldo;波&rdo;型炸彈、&ldo;呂&rdo;型炸彈和母子炸彈等細菌武器的種類，桑德斯評價說：&ldo;這是初次揭示了日軍細菌戰計劃的規模&rdo;，&ldo;今後的課題在於能否取得這些資料&rdo;，從而產生了獲取這些資料的積極性。10月7日又就各種炸彈詳情審訊了金子順一。金子是一個到1941年為止在平房工作了三年半，後來又調至東京軍醫學校工作的人物。
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