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劉裕在此時，已得了不少新助手，文有才比蕭何的劉穆之，武有智勇雙全的朱齡石，加上北府舊將的一干人等，都是將來輔佐他建立宋國的得力幹將。正如桓玄所料，劉裕兵力雖少，戰鬥力卻極強。劉裕又祭出對付孫恩的呼叫戰法，部下兵士一個個如下山猛虎，所向披靡，陣斬吳甫之。皇甫敷不甘示弱，親率數千人迎戰。戰事激烈，劉裕部將檀憑之戰死，劉裕本人被皇甫敷重重包圍，被逼到大樹前，再無退路。皇甫敷笑道：&ldo;劉裕啊劉裕，你想怎麼個死法？&rdo;說著拔戟就刺，劉裕大吼一聲，皇甫敷竟被驚得沒刺中！（劉裕幾次在不利的戰事中憑藉吼聲轉危為安，可見其&ldo;獅吼功&rdo;練得不是一般的強）兩人正相持間，劉裕的部下趕到，一箭射倒了皇甫敷，劉裕又補上一刀，砍死了皇甫敷。劉裕乘勝進軍，攻到建康城外的覆舟山下。
建康城中，桓玄聽聞自己兩員大將戰死沙場，心生恐懼。於是他與吏部郎曹靖之之間有了那麼一段頗富深意的對話。
桓玄問大臣們：&ldo;朕難道敗了麼？&rdo;曹靖之答道：&ldo;民怨神怒，微臣怕是真要敗了。&rdo;桓玄不解：&ldo;民怨也就罷了，神卻為什麼會怒呢？&rdo;曹靖之說：&ldo;陛下把晉朝宗廟移到江濱，使其流離失所，而自家的宗廟呢，又不祭祖輩（桓玄的宗廟，只祭到其父桓溫，因此不合禮法），這些神靈都會怒的。&rdo;桓玄生氣：&ldo;既如此，愛卿為何不早說？&rdo;曹靖之說：&ldo;輦車上的帝王都以堯舜自居，微臣哪裡還敢說話？&rdo;一句話點中了帝王們得意時的心態，透徹之極。桓玄無言，只好讓桓謙、卞範之等人帶著兩萬兵馬出城禦敵碰碰運氣。
那頭劉裕則有心決戰，軍中士兵飽餐一頓後，他把剩下的軍糧全部丟棄，又讓老弱士兵登上覆舟山，升起旗幟以為疑兵，各路並進，呼聲振天。桓玄的軍隊不知敵軍虛實，雖在實際人數上佔優卻不敢作戰，更何況桓謙計程車卒多是北府兵出身，知道劉裕的厲害，還沒怎麼打呢，士氣就矮了半截。劉裕借著風勢，放火助攻，桓謙等人的軍隊便不再抵抗，頃刻間四散潰逃。
早就無心戀戰的桓玄一接到戰報，便帶著兒子和侄子狼狽出逃，一路上失魂落魄，幾天吃不到一點像樣的飯菜。然而一到尋陽，他就故態重現，自認為天不助他，將來必能捲土重來。他挾持司馬德宗，繼續西行，回到了老巢江陵。他下令遷都江陵，重置百官，增設刑罰，毫無吸取教訓之意。
這樣一個&ldo;皇帝&rdo;，縱有再多的兵將，也是枉然。他留手下將領何澹之把守尋陽上游的湓口，又讓庾稚祖、桓道恭等人共同防禦一路尾追上來的劉裕、何無忌的軍隊。何澹之的上萬水軍在桑落洲（今江西九江東北）卻完全頂不住何無忌、劉道規幾千水軍的急攻，失了尋陽。
桓玄不甘失敗，又組織起兩萬多人的荊州兵，親自率軍順江而下。劉毅、何無忌、劉道規則率領了不滿一萬人的軍隊從尋陽西上，兩軍在崢嶸洲（今湖北黃岡西北）相遇。面對數倍於己的敵軍，將士們有些害怕，想要暫時退保尋陽。劉道規則說：&ldo;現在不可以退，敵眾我寡，如果現在因畏懼而退卻，即使到了尋陽也難以守住。桓玄雖然出身豪門，內心其實膽怯得很，何況現在已經連敗幾戰，手下計程車兵並無獲勝的信心。兩軍相遇勇者勝，兵多有什麼用！&rdo;說著就率領本部兵士衝鋒在前，劉毅、何無忌也迅速跟進。
桓玄的性情脾氣，被劉道規完全言中。他在指揮水軍作戰時，又在自己的大船旁邊停靠小船以備逃跑，這樣的統帥，怎麼可能服眾？劉毅等人乘著順風，放起火來，把桓玄大軍殺得全無鬥志，丟盔卸甲，四散潰逃。桓玄乘著小船，拖著司馬德宗，又一次逃回到
