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已擁立聿粵稱帝，自然不肯受永曆帝的制約。永曆帝派使者去與聿粵周旋：聿粵死也不肯歸順永曆。
永曆帝使者姓陳，陳使者對聿粵說：“天無二日，廷無二君！你若不歸順永曆帝，大明臣民聽誰的？”
聿粵說：“我也知天無二日的道理，只是不懂為何要我歸順永明王，而永明王卻不能歸順於我的道理。”
陳使者說：“永曆帝是桂王之子，神宗之孫也，自然可為皇帝！”
聿粵說：“永明王是神宗之孫，我也並非不是朱家之後！都是太祖之後，誰可以做皇帝？誰不可以做皇帝？”
陳使者說：“你雖為朱家之後，卻並沒有封王，而永明王已具王爵之身，自然優先於你！”
這話觸到聿粵之痛處，怒道：“你不可再說！否則，我即取你的性命！”
兩個皇帝誰也不肯相讓，尤其是紹武帝，根本就無心抗清，弄得眾大臣離心離德。然而，紹武帝雖然不想抗清，而清廷卻並不想放過他。
清將李成棟率兵由潮州向惠州進發，再攻擊廣州。一六四七年一月，李成棟攻陷廣州時，紹武政權便如同兒戲般的散夥了。紹武帝也從此失蹤了。
蘇觀生嘆息道：“越想自保者，越不能保護自己！”
清兵攻陷廣州，紹武政權不歡而散之訊息傳到肇慶，永曆朝廷為之震動。永曆帝召集眾臣來商量。瞿式耜認為，廣東已成危地，離開廣東為上策。永曆帝問到哪裡去？瞿式耜說到偏僻之處去，只有偏僻之處，清兵才鞭長莫及。
於是永曆帝率眾臣從肇慶奔向梧州。梧州不久又失陷，永曆帝又率眾臣從梧州奔到廣西桂林。
然而，永曆帝在桂林之足尚未立穩，清兵又氣勢洶洶追隨而來，形勢非常危急。永曆帝束手無策，眾大臣心慌意亂。瞿式耜請求永曆帝在桂林停留下來，永曆帝不同意。瞿式耜無法，便請求讓自己留下來，為永曆帝斷後，永曆帝同意了。
於是，瞿式耜將妻子兒女全留在桂林城內，表示誓與桂林共存亡之決心。然後，命令士兵加強修築防禦工事。但是，他們尚未準備完畢，清兵已接近桂林。清將領命令清騎兵前往城內打探訊息，幾十個清朝騎兵突然進入文昌門，登上城樓遙望著瞿式耜的公署，並且肆無忌憚地仰天大笑。
接到清朝騎兵突入文昌門的訊息，瞿式耜心裡急得渾無主見。後見援將焦璉來了，立即命令他拒敵。
瞿式耜之所以不假思索地命焦璉拒敵，是焦璉有著一段輝煌的歷史。有一次，永明王被清兵所擒，焦璉率眾，衝破清兵的刀山箭陣去救永明王。永明王當時身負重傷，不能行走。焦璉不由分說，背起永明王就衝，終於將永明王救出。從此，焦璉英勇善戰之精神，效忠明室之大義令人讚歎不已。永明王因此而感動，並封他為參將。
焦璉受命之後，率兵力拒敵軍，死守城池。
瞿式耜得此援手，親自登上城牆與眾士卒一同抗敵。
戰爭相持三個多月，清兵雖然持續不斷地進攻，然而無法攻下城池。
恰在此時，連下大雨，桂林城牆被損壞。瞿式耜見勢危急，又親自與士卒一同守城，並立身於敵人的矢石之中，而無懼色。眾將士見他視死如歸，心為所感，都誓死拒敵。
焦璉帶來的援兵因見久無軍餉，便聚眾鬧事。而矍式耜的庫銀不足，無法發餉。瞿式耜的妻子見了，將自己的金銀首飾全部捐出來，湊給丈夫發餉。眾將士見之，無不激動。
清兵見矍式耜與眾士卒立在城牆之上，雖面無人色，卻不見畏縮恐懼之態，有如天神降臨，心裡反生懼意，悄然而退。
四、神州大地掀起反清復明的浪潮
一六四八年。
由潮州而惠州，進而攻陷廣州，摧毀了紹武政權的
