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早在1927年4月17日，國民黨中央政治會議第七十四次會議在南京舉行，學界要人李石曾等曾提議設立中央研究院案，決議順利透過，並推李石曾(煜瀛)、蔡元培、張人傑(靜江)共同起草中研院組織法。5月9日，中央政治會議第九十次會議議決設立中央研究院籌備處，推定蔡元培、李石曾、張人傑、褚民誼、許崇清、金湘帆為籌備委員。7月4日，《中華民國大學院組織條例》公佈，改列正在籌備的中央研究院為中華民國大學院附屬機關之一。11月9日，《中央研究院組織法》公佈，改定&ldo;中央研究院直隸於國民政府，為中華民國最高學術研究機關&rdo;，設立：物理、化學、工程、地質、天文、氣象、歷史語言、國文學、考古學、心理學、教育、社會科學、動物、植物等十四個研究所。但鑑於財力、人力和各方麵條件限制，最初只設了與國計民生有直接、緊迫關係的理化實業、社會科學、地質、觀象等4個研究所，其他研究所後來才陸續成立。
1928年4月10日，南京國民政府決定改中華民國大學院中央研究院為國立中央研究院，成一獨立研究機關，任命蔡元培為中央研究院院長，楊銓(杏佛)任總幹事。5月，啟用印信。6月9日，第一次院務會議在上海東亞酒樓舉行，宣告中央研究院正式成立。此時的中研院已擁有了7個研究所，各首任所長如下：地質所李四光;天文所高魯;氣象所竺可楨;物理所丁燮林;化學所王進;工程所周仁;社會科學所楊端六。
從1928年到1937年9年間，經過蔡元培與同仁共同努力，中央研究院不斷發展壯大，相繼在南京、廣州、上海等地設立了包括物理、化學、工程、歷史語言在內的10個研究所。正當蔡元培躊躇滿志，欲一鼓作氣把預定計劃中的14個研究所全部建立起來時，抗日戰爭爆發。隨著淞滬抗戰失利，南京危急，中央研究院下屬各所不得不打點行裝，踏上關山阻隔、前途黯淡的流亡之路。
病逝港島(1)
病逝港島
盧溝橋事變前兩年，作為中國學界領袖的蔡元培，身體狀況已現衰老的頹勢，病魔開始與他糾纏不休。在此情形下，他仍以身垂範，為國家民族的救亡與復興奔走呼號。據蔡的學生、曾先後出任清華大學和中央大學校長的羅家倫回憶，有一次蔡元培到南京，時任國民政府行政院院長兼外交部長的汪精衛設宴招待。席前，蔡元培極為真誠懇切地苦勸汪精衛改變親日立場和行為，嚴正態度，以推進抗戰與民族復興的國策。當時在座的羅家倫等人看見，蔡元培說到激動傷心處，眼淚一滴滴落在湯盤裡，又和湯一道嚥下去，在場者無不為之動容。
1937年7月7日，盧溝橋事變發生，蔡元培正在上海，中央研究院理、化、工等三個研究所仍留在上海租界內開展工作。未久，&ldo;八一三&rdo;淞滬抗戰爆發，中華民族生死存亡的大戰拉開了高潮大幕。硝煙炮火中，蔡元培強撐病體，親自組織、指揮上海三個研究所向內地撤退。
11月1日，國民黨軍隊在淞滬戰場上敗象已現，各路大軍奉命撤退或正在轉移途中，蔣介石緊急召集會議，說根據外交部的情報和意見，九國公約聯盟將於11月3日在比利時首都開會，這次會議對中國的命運關係甚大，只要中國軍隊在上海繼續頂下去，九國公約國家就有可能出面聯手製裁日本，斷其戰略資源的通道。為抓住這一稍縱即逝的歷史性契機，蔣介石決定收回撤退成命，各部重返前線再&ldo;支援一個時期，至少兩個星期，以便在國際上獲得有利的同情和支援&rdo;。
為配合政府這一戰略決策，11月2日，蔡元培帶頭與上海交通、同濟、暨南等大學校長黎照寰、翁之龍、何炳松，以及中央研究院氣象研究所的竺可楨等著名教育界、科學界人士，
