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12月21日，日軍登陸部隊為攻佔馬尼拉而在仁牙因灣登陸。當時，美潛艇因備品不足，沒有一艘能夠參加保衛仁牙因灣的戰鬥。日登陸部隊在嚴密的警戒下，於仁牙因灣內巧妙地利用淺灘水域和暗礁等天然條件，阻止美潛艇對它進行襲擾。只有s-38號潛艇大膽地突破其警戒線，擊沉1艘即將進入錨地的運輸船。&ldo;海豹&rdo;號潛艇對一艘開往登陸地域的小型貨船進行了魚雷攻擊。
由於日軍對馬尼拉附近基地的威脅日益增大，盟國海軍部隊主動撤離。約翰&iddot;威爾克斯海軍上校指揮的亞洲艦隊潛艇部隊，首先撤至達爾文港，後來又轉移到弗里曼特爾在澳大利亞西南海岸。。只把&ldo;卡諾珀斯&rdo;號潛艇供應艦留在馬尼拉灣，以保障潛艇繼續作戰。
這支潛艇部隊除繼續進行巡邏外，還須擔任撤退任務和補給任務。這就是說，潛艇必須協助有關單位把平民百姓和重要軍事人員轉移到其他地方，從被圍困的巴丹半島和哥黎希律島撤出某些財物，以及為逐漸減少的守備部隊運送糧食、醫藥和彈藥等補給品。
最先執行這項任務的是&ldo;海狼&rdo;號潛艇，它先送37噸彈藥，後送25名陸海軍飛行員、&ldo;卡諾珀斯&rdo;號潛艇供應艦上的一部分重要潛艇備品和16條魚雷。&ldo;鱒魚&rdo;號潛艇卸下運來的25噸補給品，而裝上2噸金塊、18噸銀塊和5噸郵件及有價證卷等物返航。該艇在返航途中還對敵貨船和獵潛艇實施了魚雷攻擊。
在爪哇海作戰期間，潛艇雖未取得什麼戰果，但美軍已著手建立潛艇巡邏區，並開始改進潛艇戰術。初期，潛艇通常在潛望深度實施晝間攻擊。為了不被對方發現，只伸出潛望鏡作短暫的觀測。採用這種攻擊方法時，只使用噪音測向器材而不使用迴音水聲器材，以免暴露自己的位置。最初的潛望鏡不能準確地測出目標距離，而聲納只能提供目標的方位。因此，潛艇艇長實施魚雷攻擊時往往忽視距離這個因素。不久，潛望鏡上安裝了測距裝置。潛艇艇長還知道，偶然用一下聲納測定距離，還不至於暴露自己的位置。能夠準確測定目標的距離後，美國潛艇就可以實施較有把握的魚雷攻擊了。這時，德國潛艇已經開始採用夜間水上攻擊的戰術，但是，美國海軍仍把潛望鏡深度的晝間攻擊作為潛艇的基本戰術。為使空中偵察難以發現，美國潛艇的艇殼上塗黑色迷彩，這對夜間在水面活動的潛艇起不到多少偽裝作用。加之沒有夜間使用的效能良好的潛望鏡，天黑後，潛艇就難以在潛望深度實施攻擊。後來的經驗證明，艇體的兩舷塗上灰色的亮漆，對夜間行動具有很好的偽裝效果。有了效能良好並適於夜間使用的潛望鏡，潛艇就容易在潛望深度實施夜間攻擊了。可是，美國潛艇直到有了較準確的魚雷射擊自動計算器(tdc)，裝備了效能良好的雷達，魚雷的質量已有很大改進之後，才成為一種機動靈活的兵器，才不分晝夜地並且是很有信心地對日本艦船進行襲擊。
日本向南侵略的範圍越大，它的船隻遭到美潛艇襲擊的機會就越多。儘管如此，從襲擊珍珠港到珊瑚海海戰之前，日軍艦船受到的損失並不算大。在這期間，盟軍潛艇擊沉的日本艦船僅有水面艦隻3艘沒有大於驅逐艦的艦隻。、潛艇2艘和商船35艘。但是在此之後，美國潛艇掌握了日本海上航運的規律，從而取得了很大戰果。
日軍把潛艇用於支援艦隊作戰，這在中途島海戰中表現得最為典型。在這次海戰中，日軍派遣潛艇單獨活動，或在規定水域列成艇幕，以偵察美國艦隊的行動，並對其進行截擊。當時，日軍在珍珠港和中途島之間配置了兩個潛艇偵察艇幕，但日潛艇佔領陣位的時間過遲，因而未能發現和截擊美國的航空母艦編隊。在這次海戰中，唯有伊-168號潛艇取得
