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二世接到諫言後，仍無法省思，反而責怪李斯：
「這是什麼話呢？趙高不過是個宦官，怎可能有什麼異志或違法行為！？他潔行修善一向為人所共知，因而素有忠名，謹慎執行其職權，頗得我的信任，宰相為何反而疑心之？而且朕不信任趙高，還有誰可信任呢？趙高為人，精廉強力，下知人情，上能適朕，請君不必再疑心了！」
由於李斯在朝廷上仍擁有大權，胡亥擔心他會將趙高強行治罪，於是私下將李斯的控訴告知趙高。
趙高也先下手為強，表示：
「丞相最為顧忌的便是趙高啊！趙高死後，相信他立刻會仿效田常篡齊的行為。」
李斯父子遇害，趙高獨攬大權
章邯雖能擊潰陳勝，但項梁大軍渡河後，叛軍的聲勢更大，諸侯並起，關東早已不再屬秦王朝統轄了。
前線要求增加軍援，但由於勞役太多，兵源不易集中，於是右丞相馮去疾、左丞相李斯、將軍馮劫共同進諫：
「關東群盜並起，朝廷雖一再發兵剿討，也殲滅了不少暴民，但賊勢仍不見稍減，最主要在於朝廷徵調勞役太多。賦稅太重，民不堪其苦，被迫附從叛賊。請即刻停止阿房宮工程，並減少四方邊境戍衛及運輸之勞役。」
胡亥和趙高等商議後，決定乘機奪回大臣之治理大權，於是胡亥下旨表示：
「凡所以貴有天下者，便應該徹底顯露其尊貴，為的是讓天下人服從皇帝之法令，使在下者不敢為非，四海皆以臣服也。夫帝舜、大禹等貴為天子，自己卻窮苦得連百姓都不如，怎能宣揚法令之尊貴呢？何況先帝原本也起於諸侯，兼併天下後，外攘四夷以安定邊境，建築宮室是為彰顯其統有天下之大志，君等對先帝之功業應有目共睹。今朕方即位二年，卻群盜並起，君等不能禁，反欲推翻先帝之政策。這樣子不僅上無以報先帝，次者又無以為朕盡忠，如此的大臣，哪有資格繼續在位執政！」
於是將馮去疾、李斯、馮劫等拘捕，罷其職，使吏治其罪。馮去疾和馮劫見大勢已去，不願受辱，遂自殺。
只剩李斯還監禁在獄中，胡亥令趙高審理。趙高藉口李由謀反，將李斯之宗族、賓客全部逮捕。更下令，以重刑逼供，李斯受不了痛苦，乃假裝伏罪。
其實，李斯所以忍辱偷生，乃因自負其辯才無礙，而且對朝廷有大功，又實在沒有反叛之心，因此欲上書胡亥表明心意，希望皇帝能及時醒悟，赦免其罪。
他在獄中上書表示：
「臣為秦國宰相，治理萬民已達三十餘年。起初秦國國土陝隘，不過千里，兵數十萬，臣盡力而為，一方面陰行謀臣，資之金玉以遊說諸侯；一方面暗中編練甲兵，加以精神教育，強化其戰鬥力，並尊崇有功大臣，終於兼併六國，虜其王，統有天下，建立秦王朝。接著又北逐胡、貉外族，南定百越，使秦王朝稱霸於天下；平鬥斛、度量、文章，建立制度，使秦王朝之政務順利推動，如果這也都是臣的罪過，這樣子臣倒該早被判處極刑了。幸而先帝認為臣仍有可用之處，才能留臣至今天的啊！這些事實請陛下再詳加審察之。」
趙高卻下令獄吏棄其上書，不得稟奏，並厲聲斥責：
「階下囚哪有資格上書皇帝呢！」
唯恐夜長夢多，趙高派遣其賓客數人，假扮成御史、侍中及皇帝特使，輪流去審訊李斯，李斯以實情答之，但立刻遭到嚴厲杖擊，久而久之，便不敢再講真話了。這時候，趙高再鼓動胡亥派人提審李斯，李斯以為會和以前的審訊相同，不敢再講真話，只得伏罪，特使乃呈報胡亥定案。胡亥也很高興地表示：
「如果不是有趙高，差點便被宰相出賣了。」
這時候，三川太守李由也為楚軍攻破，李由被殺，使者回報胡亥，趙高
