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參謀部也直接對皇帝負責，他的職權主要包括主掌全國兵馬調遣，包括兵馬的補充和屯防，更重要的是戰時進行戰事的佈置。參謀司人員組成不固定，日常由幾名兵部官員主事處置事務。但是在戰時，參謀部將會無限擴大，組成人員可包括朝中任何重要官員。
也就是說，在戰時，參謀部將是戰爭的最高決策機構。
楊晞計劃，這樣的制度在執行一段時間後，將參謀部從兵部裡面獨立出來，成為一個直接對皇帝及政事堂負責的部門。以後的兵部，將成為類似後世國防部的部門。
軍隊是國家的根本，必須要控制好，有幾個相互制衡、相互協調才能發揮作用的部門一道指揮、掌握軍隊，軍隊發生叛亂的可能性雖然不能完全消除，但其可能性會大大降低。
他要看看自己提出的這些措施能不能適應唐朝時候的形勢，能不能在這個時代發揮作用。要是實施後效果不錯，後續還會進行進一步的軍制改革，包括軍事委員會的建立等舉措。
管理軍事的機構重新劃定職權，下面的軍制改革措施當然也跟著出來。
各鎮軍節度使制度取消，改為以道為基礎，在全國範圍內，進行大型軍衛的設定和籌建。設立正式編制的衛軍和州軍，及類似後世的民兵後備役制度。
這一點楊晞是來自後世軍區及集團軍的制度。
他制定的政策是：他這個皇帝透過參謀部、情報部及兵部控制軍隊，而參謀部、情報部及兵部透過控制各軍衛將全國的軍隊牢牢掌握住，這樣各鎮軍將領手中的權力就會大大被削弱。
衛軍為大唐主要的武裝力量，是對外徵戰中主戰力量；州兵負責維持地方治安。軍衛設定按地域進行，在一道內設定一個衛軍或者幾個，也可能是幾道內設定一個衛軍。具體設定按各道的區域面積及人口數，還有地理位置的重要性考慮。如今各鎮節度使手中的軍隊將被重新編制劃分，在衛軍建立後，各都督府的邊軍也都歸入衛軍中。衛軍的職能有些相當於後世的軍區和集團軍的結合物。
朝廷在宣佈全面組建衛軍的詔令中也宣佈了衛軍的組成及編構：大唐的武裝力量共分為三十衛軍，分別以數字編排，即第一到第三十衛軍，每衛軍組成為一萬五千到三萬人，有甲、乙、丙的區別。第一到第十衛軍為甲種，各衛軍有兩萬五到三萬人，下屬三個衛師，衛軍的主將為兩名大將軍，衛師的主將為將軍；第十一到二十為乙種衛軍。編制也為三個衛師，共兩萬到兩萬五千人；第二十一到三十為丙種衛軍，每衛軍兩個衛師，大概一萬五千到兩萬人左右規模。
第一至第三衛軍主要由禁軍改編而成。以後的職責依然是鎮守京師的安全。
各衛軍的主力組成人員依然如原來那樣，但在以後的建設過程中，會有各技術兵種的組建和補充。
邊軍的編制與京軍略有不同，衛軍與大都護府或者大都督府是同一個班子。按地域設定都督府、鎮、戍、關等，派駐一定計程車兵守衛，都督府相當於衛師的編制。
另有大唐皇家水師單獨成軍。編制也如陸師，共有五個水師衛軍，共有五萬人。
如今的造船技術還很落後，楊晞期望以後能建立戰力更出色的海軍。
暫時保留府兵，十六衛也沒撤銷，但差不多是名存實亡了。各衛大將軍也幾乎成了榮譽稱號，不過楊晞不可能馬上將歷史悠久的十六名消失在歷史長河中的。府兵依然還是由原來各衛遙領之，類似後世的民兵組織，也作為募兵的兵源，軍中的募集的兵員在服役一定時間，退役後也編入府兵中。
還有非常重要的一點，那就是軍事與民生徹底分了開來。各衛軍中的軍餉和物資，京軍透過戶部直接劃撥，邊軍由戶部透過各州府發放，月俸分等發給，年節有賞，大典有賜，行軍另有行
